从出现列表计算协方差矩阵

Question

我有以下数据框：

# my_data
id  cg
1   a
2   b
3   a
3   b
4   b
4   c
5   b
5   c
5   d
6   d

我想计算cg 的值的协方差。我相信我可以通过在以下矩阵上使用cov() 来获得它，其中每个单元格计算cg 的两个值之间的共现次数。

# my_matrix
cg  a  b  c  d
a   2  1  0  0
b   1  4  2  1
c   0  2  2  1
d   0  1  1  2

从my_data 到my_matrix 的最快方法是什么？请注意，cg 包含 700 多个唯一值。

如果有更好的方法来生成协方差矩阵，我也很感兴趣。

这里是生成my_data的代码：

my_data <- structure(list(id = c(1L, 2L, 3L, 3L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 6L),
                          cg = c("a", "b", "a", "b", "b", "c", "b", "c", "d", "d")),
                     .Names = c("id", "cg"),
                     class = "data.frame", row.names = c(NA, -10L))

Answer 1

我们可以使用crossprod 和table

crossprod(table(my_data))
#    cg
#cg  a b c d
#  a 2 1 0 0
#  b 1 4 2 1
#  c 0 2 2 1
#  d 0 1 1 2