遍历列表中的序列对象？答案

【问题标题】：Looping through sequence objects in a list?遍历列表中的序列对象？
【发布时间】：2013-04-05 16:05:05
【问题描述】：

我有一个包含 24 个TraMineR 序列对象的列表。现在我想计算每个序列对象的最佳匹配距离（仅在每个对象内）并将其存储在一个新列表中，该列表现在包含 24 个 OM 距离对象（距离矩阵）。

数据集可以在here找到。

library(TraMineR)
sequences <- read.csv(file = "event-stream-20-l-m.csv", header = TRUE, nrows=10)
repo_names = colnames(sequences)

# 1. Loop across and define the 24 sequence objects & store them in sequence_objects
colpicks <- seq(10,240,by=10)
sequence_objects <- mapply(function(start,stop) seqdef(sequences[,start:stop]), colpicks-    9, colpicks)

# 2. Calculate the costs for OM distances within each object 
costs <- mapply(seqsubm(sequence_objects, method="TRATE"))

# 3. Calculate the OM distance objects for each sequence object
sequences.om <- seqdist(sequence_objects, method="OM", indel=1, sm=costs, with.missing=FALSE, norm="maxdist")

步骤 (1) 工作正常，但是当我进入步骤 (2) 时，它告诉我：

Error in seqsubm(sequence_objects, method = "TRATE") : 
[!] data is NOT a sequence object, see seqdef function to create one

这很自然，因为sequence_objects 不是序列对象，而是序列对象的列表。

如何将seqsubm 函数应用于序列对象列表？

【问题讨论】：

只是投票结束而不建议问题如何改进不是很有建设性...
我怀疑这些是迁移这个问题的投票，因为它可能会在 SO 上得到更好的关注。不过，我确实有一个改进建议：请仔细阅读代码和错误消息，因为错误消息中的sequences_objects 与代码中的sequence_objects 并不完全匹配——这有点奇怪。
已更正 - 现在它有正确的错误消息。
@histelheim，您能否发布sequences 的示例数据。谢谢
mapply 的语法是mapply(function, list1, list2, MoreArgs=list(...) )。在没有数据的情况下，很难猜测您可能在哪里出现更多错误，但您当前的调用肯定是错误的。

标签： r data-manipulation traminer

【解决方案1】：

我不熟悉 TraMineR 包，但是您似乎正在尝试迭代 sequence_objects 的元素。

mapply 用于同时迭代多个对象。
lapply 相反用于迭代单个对象。

因此，以下可能对您有用：

 costs <- lapply(sequence_objects, seqsubm, method="TRATE")

【讨论】：

这会返回Error in FUN(X[[1L]], ...) : [!] data is NOT a sequence object, see seqdef function to create one，这很奇怪，因为在第 1 步中，seqdef 函数在我看来是成功的方式
尝试在步骤 1 中将 SIMPLIFY=FALSE 添加到 mapply 语句中。