如何导入`as<-`？答案

【问题标题】：How to import `as<-`?如何导入`as<-`？
【发布时间】：2016-05-12 02:48:54
【问题描述】：

在开发 R 包时，如何为 S4 类导入 as() 方法？

更多细节：我需要将邻接矩阵转换为 graphNEL 对象（来自graph 包）。这是这样做的代码：

library("graph")
m <- rbind(
c(0, 0, 0, 0),
c(1, 0, 0, 0),
c(0, 1, 0, 0),
c(0, 0, 1, 0)
)
gr <- as(m, "graphNEL")

不幸的是，此代码在 R 包中失败：

Error in as(m, "graphNEL") : 
no method or default for coercing “matrix” to “graphNEL”

问题似乎是导入所需的as() 方法，但我似乎无法弄清楚如何执行此操作。请注意，如果图形包包含在 Imports 中，这仍然会失败。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

如果您指定包含as() 和:: 的包，它应该可以工作。

试试这个：

gr <- graph::as(m, "graphNEL")

只是为了将所有信息保存在一个地方。
图形包已从 CRAN 中删除，现在只能通过 Bioconductor 获得。据我所知，Bioconductor 包不会仅仅通过将它们放入导入中来导入。

在测试之前导入 Bioconductor 软件包的软件包期间，这些软件包可能已经安装在您正在测试的系统上。但是，如果是这样的话，那么我认为这里也是如此。因此，我的解决方案可能无法解决您的问题。

【讨论】：

这是我的第一个猜测，但不幸的是它不起作用——你会得到同样的错误。这实际上是有道理的，因为图形包没有明确导出任何称为“as”的方法。一般来说，我相信委托 as 方法的包不会显式导出它。
可以肯定的是，当graph 包在您的 Imports 中时，您尝试过此操作？（听起来答案还没有，但只是检查。）
是的，图表在 Imports 中。（不用担心，清楚这些事情总是好的。）
从网上看，graph 包似乎已从 CRAN 中删除，现在只能通过 Bioconductor 获得。不幸的是，Bioconductor 包不会仅仅通过将它们放入导入中来导入。据我所知，在运行依赖于它的包中的代码之前，您需要让用户手动安装包。
嗯...我已经编写了其他包含导入中列出的 Bioconductor 包（包括图表）的包，它们的行为与其他 CRAN 包完全相同。据我所知，这是一个 S4 问题，而不是图表或 Bioconductor 问题。但我可能是错的......