从 web 界面自动安装 R 包答案

【问题标题】：Install R packages automatically from webinterface从 web 界面自动安装 R 包
【发布时间】：2014-02-04 14:44:37
【问题描述】：

为了提供一种简单的方法来使用更多包扩展我的 webapp，我开始考虑通过文件链接自动安装 R 包。

为了简单起见，假设我有一个输入字段和一个按钮。输入字段填充了指向包源的链接（例如http://cran.r-project.org/src/contrib/C50_0.1.0-16.tar.gz）。点击按钮后，应该下载并安装包。

我找到了所需的命令：

下载中：wget http://cran.r-project.org/src/contrib/C50_0.1.0-16.tar.gz
安装1：sudo R CMD INSTALL path/C50_0.1.0-16.tar.gz --library =/usr/lib/R/site-library
安装2：sudo R CMD INSTALL path/C50_0.1.0-16.tar.gz --library =/usr/local/lib/R/site-library
安装3：sudo R CMD INSTALL path/C50_0.1.0-16.tar.gz --library =/usr/lib/R/library

这些命令存放在哪里以及如何调用脚本？（也许是 php 中的 exec？）

如何处理sudo？有没有办法通过 ajax 等发送密码或完全避免密码要求？

你怎么看？

编辑（解决方案）：

因为在接下来的几个小时内我无法回答自己的问题，所以我使用最终得到的解决方案来编辑我的问题。

经过一些研究和你的提示，我最终得到了这段代码（在http://www.r-bloggers.com/installing-r-packages/ 找到并根据我的需要定制）

installPackage.html

<%
cat(".Rprofile: Setting UK repositoryn")
r = getOption("repos") # hard code the UK repo for CRAN
r["CRAN"] = "http://cran.uk.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

install.packages("packageNameFromAjaxCall", lib="/usr/lib/R/site-library")
install.packages("packageNameFromAjaxCall", lib="/usr/local/lib/R/site-library")
install.packages("packageNameFromAjaxCall", lib="/usr/lib/R/library")
%>

调用类似

$.post('path/brew/installPackage.html',{package:packageFromInput},function(){
...
})

【问题讨论】：

您熟悉devtools 包吗？
如果有人想安装他们的rootkit_0.1.0.tar.gz 包怎么办？
@RicardoSaporta 还没有。快速浏览后，我看不出devtools 是如何为我的问题提供解决方案的。
@JoshuaUlrich 这就是为什么只有我和共同管理员能够安装新软件包的原因。此功能不适用于普通用户。
有理由不使用install.packages()吗？

标签： r ubuntu package

【解决方案1】：

我已经实现了用户定义函数来静默安装和加载所需的 R 包。希望可能会有所帮助。代码如下：

# Function to Install and Load R Packages
Install_And_Load <- function(Required_Packages)
{
    Remaining_Packages <- Required_Packages[!(Required_Packages %in% installed.packages()[,"Package"])];

    if(length(Remaining_Packages)) 
    {
        install.packages(Remaining_Packages);
    }
    for(package_name in Required_Packages)
    {
        library(package_name,character.only=TRUE,quietly=TRUE);
    }
}

# Specify the list of required packages to be installed and load    
Required_Packages=c("ggplot2", "Rcpp");

# Call the Function
Install_And_Load(Required_Packages);

【讨论】：