R：在我自己的包中使用数据表：lapply（.SD，mean）中的错误：找不到对象'.SD'

Question

跟进this question，我构建了自己的包，它使用了data.table。

在包内，我使用data.table根据另一列计算矩阵中每列的均值。

以下内容：

datam <- cbind(matrix(rexp(100), 10), IN=c(rep(1,2), rep(2,3), rep(3,2), rep(4,1), rep(5,2)))
dd <- data.table::data.table(datam)
result <- dd[, lapply(.SD, mean), by=IN]

我让它工作的唯一方法是在我的DESCRIPTION 文件的Depends: 字段中包含data.table 和import(data.table) 在NAMESPACE 文件中。

现在我希望能够从我的包中调用使用 data.table 的函数，如下所示：

mypackage::myfunction(...)

但是，我收到以下错误：

lapply 中的错误（.SD，平均值）：找不到对象“.SD”

只有当我在使用library() 加载包后调用我的函数时，此错误才会消失，如下所示：

library(mypackage)
myfunction(...)

由于我的包随后会从其他包中调用，有没有一种方法可以让它工作而不必每次都使用library()，就像我对需要函数的每个其他包所做的那样？ 谢谢

编辑

我刚刚制作了一个 MWE 包来重现错误。请从下面的 Google Drive 链接下载：

https://drive.google.com/open?id=1yHxmQeoIOx9VIuL4EBrFWlGDBstnKJQs

我使用usethis 包构建它，在usethis_myexample.R 文件中。

包本身称为myexample，包含在myexample-package 文件夹中。在里面你可以看到DESCRIPTION文件在Imports部分包含data.table，NAMESPACE文件包含import(data.table)。

R 文件夹内的functions.R 文件中只有一个名为aggregate_mean 的函数。

在myexample-package 文件夹旁边，有一个tests 文件夹，其中包含一个名为mytest.R 的测试文件，用于运行aggregate_mean 函数，如下所示：

mymat <- cbind(matrix(rexp(100), 10), IN=c(rep(1,2), rep(2,3), rep(3,2), rep(4,1), rep(5,2)))
mymat
mynewmat <- myexample::aggregate_mean(mymat, "IN")
mynewmat

我总是遇到错误：

lapply 中的错误（.SD，平均值）：找不到对象“.SD”

谢谢！

Answer 1

由于您的问题现在有一个可重复的例子，我能够深入研究它。

我从您的链接下载了 zip 文件，解压缩，将 myexample-package 重命名为 mypackage。那么……

R CMD build myexample
R CMD INSTALL myexample_0.0.0.9000.tar.gz
R -q

然后在 R.

mymat <- cbind(matrix(rexp(100), 10), IN=c(rep(1,2), rep(2,3), rep(3,2), rep(4,1), rep(5,2)))
mymat                                                                  
# [1,] 0.83010264 0.4778802 1.15826121 0.304299143 0.5781483 1.81660550
# [2,] 0.03895798 2.3709480 0.69694839 0.730800823 0.3319984 0.53348461
# [3,] 0.03383199 0.2842029 1.74151827 1.019573035 0.1863635 0.89487309
# [4,] 0.53533254 0.2814782 0.78563371 0.309180422 1.4393098 1.07450638
# [5,] 0.53010142 1.3132409 0.67072292 1.212244007 0.1984360 0.06208641
# [6,] 0.45916016 0.5576434 0.67770401 0.056270575 0.5065829 0.83416626
# [7,] 0.25404953 0.2730706 0.01070633 0.132406274 1.6186573 0.37083771
# [8,] 3.42254715 0.6489950 0.81291881 0.003048744 1.3522848 0.18066361
# [9,] 1.29994319 0.3170614 1.71145805 1.141222719 1.1832478 0.18091907
#[10,] 0.23622615 0.4473482 3.07774816 1.441207092 0.9761152 0.28132707
#                                                IN
# [1,] 6.1868517 2.44880203 0.55261438 0.3459453  1
# [2,] 0.8177218 0.90554629 1.00106158 1.0427756  1
# [3,] 4.3910329 0.56068780 0.24262243 1.7036666  2
# [4,] 0.8712083 0.02439399 0.80927766 1.6596570  2
# [5,] 0.6613734 0.12954737 1.01661648 1.2446795  2
# [6,] 0.2858442 2.32610958 0.26553789 0.4856818  3
# [7,] 3.6628536 0.26447698 0.70633274 2.0283399  3
# [8,] 0.0515666 0.99916985 0.06102821 0.9413485  4
# [9,] 4.7781407 1.47764414 1.92598562 0.4581395  5
#[10,] 0.8770661 2.78552022 0.07543095 0.6886183  5
mynewmat <- myexample::aggregate_mean(mymat, "IN")
mynewmat
#   get        V1        V2        V3          V4        V5        V6        V7
#1:   1 0.4345303 1.4244141 0.9276048 0.517549983 0.4550734 1.1750451 3.5022868
#2:   2 0.3664220 0.6263073 1.0659583 0.846999155 0.6080364 0.6771553 1.9745382
#3:   3 0.3566048 0.4153570 0.3442052 0.094338425 1.0626201 0.6025020 1.9743489
#4:   4 3.4225471 0.6489950 0.8129188 0.003048744 1.3522848 0.1806636 0.0515666
#5:   5 0.7680847 0.3822048 2.3946031 1.291214905 1.0796815 0.2311231 2.8276034
#          V8         V9       V10 IN
#1: 1.6771742 0.77683798 0.6943604  1
#2: 0.2382097 0.68950553 1.5360010  2
#3: 1.2952933 0.48593531 1.2570109  3
#4: 0.9991699 0.06102821 0.9413485  4
#5: 2.1315822 1.00070829 0.5733789  5

所以我无法重现您的问题。如果问题出在安装软件包的方式上，我鼓励您按照上述相同的步骤来缩小范围。 如果您有更多后续问题，而不是编辑问题，最好将它们放在我的回答下的 cmets 中。

希望有帮助！

Answer 2

将Imports: data.table 添加到您的包描述中，并在您的包的 R 文件中的某处声明.datatable.aware <- TRUE。

这解决了我的问题。