如何在 Anaconda 的 RStudio 中更新所有 r 包答案

【问题标题】：How to update all the r packages in RStudio in Anaconda如何在 Anaconda 的 RStudio 中更新所有 r 包
【发布时间】：2021-10-07 18:19:18
【问题描述】：

我在 Anaconda 的 renv 环境中使用 RStudio。我想一次更新 renv 中的 r 包。 Merv 的命令in this post 一次只更新一个包（在下面的代码中它只更新 askpass 包）

conda install -n renv -c conda-forge r-askpass

但是，由于我有一长串要更新的 r 包，我想知道是否有任何命令可以一次更新所有 r 包。谢谢。

【问题讨论】：

标签： r anaconda package conda

【解决方案1】：

可用的 Conda CLI 选项

CLI 仅提供两个选项：

列出特定的包
```
conda update pkg1 pkg2 ...
```
更新所有包
```
conda update --all
```

所以，不是任何可以指定所有 R 包的地方。

使用正则表达式

在两者之间取得一些东西的一个技巧是使用 conda list 的正则表达式功能来获取匹配包的列表，然后使用一些 UNIX 命令将这些作为参数发送到 conda update 命令。

对于以r- 或bioconductor-（R 包的两个最常见前缀）开头的所有包，这样做如下所示：

# environment you wish to update
ENV_NAME=renv

# update all `r-` and `bioconductor-` packages
conda list -n ${ENV_NAME} '^(r|bioconductor)-' | \
  grep -vE '^#' | cut -f1 -d' ' | \
  xargs conda update -n ${ENV_NAME} -d

重要提示：我在conda update 中包含了-d（试运行）标志，以防止自动接受提议的更改，这似乎是由在此处使用xargs 触发的。我强烈建议您按原样首先使用（始终查看更改！），然后在查看后再次执行，不要使用-d。

【讨论】：

嗨，先生。非常感谢您再次回答我的问题。我按照指示在终端中运行了您的代码。发生的事情是，在运行您的代码后，从终端返回的消息说所有包都已更新。但是当我在 Anaconda 中进入 RStudio 并单击包窗格下的更新按钮时，那里仍然有一个包列表，并不是所有的包都更新了。无论如何，使用正则表达式和 Unix 命令离我现在所知道的太远了。再次感谢您的回答，希望您度过愉快的一天！
@KaiLi 所以你运行它时没有最后一个-d？
您好。我首先使用 -d 运行命令，然后按照指示在不使用 -d 的情况下运行它。我为更新列表中剩余的每个软件包重新尝试了您的命令“conda install -n renv -c conda-forge r-askpass”。其中一些能够被更新，而另一些则显示该软件包都是从 CLI 更新的（但仍在 RStudio GUI 的更新列表中）。通过不同的包管理器更新包可能会导致严重的问题，尤其是在需要编译时：)