错误：文件中的错误（con，“r”）：无法打开连接答案

【问题标题】：Error: Error in file(con, "r") : cannot open the connection错误：文件中的错误（con，“r”）：无法打开连接
【发布时间】：2012-03-25 08:05:52
【问题描述】：

我正在尝试使用 R 中的 bio3d 包运行 dssp 函数。但我遇到了错误。

library("bio3d")
pdb <- read.pdb("1CRN")
x <- dssp(pdb, exepath="C:/dssp/dssp.exe")

Error in file(con, "r") : cannot open the connection

请有任何建议。

【问题讨论】：

dssp 中的示例对您有用吗？尝试在示例中包含 exepath。如果没有，您始终可以将 dssp.exe 的路径包含在您的 PATH 中，并避免一起输入 exepath。
我已经回答了您最初提出的问题：biostar.stackexchange.com/questions/19053/…
@neilfws 该链接对我来说已损坏，您是否也可以在这里复制答案？
@ThomasH - 这是工作链接：biostars.org/p/19002

标签： r

【解决方案1】：

要解决它，您需要修复 dssp 函数参数：

修复（dssp）

改写下面一行：

system(paste(exepath, "dssp -c ", infile, " ", outfile, sep = ""), ignore.stderr = TRUE)

"-i" 代替 "-c" 和 "-o" 代替 " "

谢了

【讨论】：