在带有计数的数据上使用 tapply 来添加零和 NA答案

【问题标题】：Using tapply on data with counts to add zeros and NAs在带有计数的数据上使用 tapply 来添加零和 NA
【发布时间】：2016-03-30 10:41:51
【问题描述】：

我有一个数据库，其中包括：物种 ID（作为因素）、计数、站点、访问、年份。在这里找到一个子集[Google Drive]

我想创建一个具有以下维度的 4D 数组：物种、地点、访问和年份。计为单元格值。我正在使用以下代码：

y<-tapply(counts,list(species,site,visit,year), sum)

在这些年里和过去几年里，有些网站并不总是被访问过。因此，在单元格中获取 NA，这实际上很好。我的问题是在给定的访问和年份访问了一些站点但没有看到该物种。原始数据库只看到了计数（除了少数例外）。因此，代码为这些单元格提供了一个 NA 值，但我想要一个 0- 值。

任何人对如何在访问站点但未看到物种时添加这些 0 值单元格，同时在未访问站点时保留 NA 有任何建议吗？

提前非常感谢。

【问题讨论】：

请在问题中包含您的数据，因为链接可能会随着时间的推移而中断或更改。

标签： r database tapply

【解决方案1】：

鉴于您的数据在 data.framedf 中

library(reshape2)

tmp <- dcast(df, site + visit + year ~ species, value.var = 'counts', fill = 0)
df <- melt(tmp, id.vars = c('site', 'visit', 'year'), variable.name = 'species', value.name = 'counts')
y <- tapply(df$counts, list(df$species, df$site, df$visit, df$year), sum)

【讨论】：

谢谢各位达纳斯！有用。我只将函数 sum 添加到 dcast 中，以便在值不为零时得到观察值的总和。 tmp