使用 apply() 创建输出矩阵或数据框答案

【问题标题】：Create an output matrix or data frame using apply()使用 apply() 创建输出矩阵或数据框
【发布时间】：2017-06-24 02:04:05
【问题描述】：

我有一个频率交叉表，我想使用 rep() 和 apply() 函数为每个样本（A01、A02 等）制作一长列数据，我可以将其用于均值和标准差统计数据。 A01、A02 等列中的数字是 CAG 的频率计数，例如6485 个 13 CAG 计数。

我已设法编写函数以提供正确的结果，但格式似乎不可索引，例如使用sumstats$A01 给出NULL。理想情况下，我还希望输出表中的行和列倒置，所以列是均值、标准差等。

data <- data.frame(CAG = c(13, 14, 15), A01 = c(6485,35,132), A02 = c(0,42,56))
sumstats <- sapply(data[, 2:ncol(data)], function(x) {
data_e <- rep(data$CAG, x)

list(
  mean = mean(data_e),
  median = median(data_e),
  sd   = sd(data_e)
)
 })

#Output:
#sumstats$A01
#NULL

【问题讨论】：

标签： r function matrix apply sapply

【解决方案1】：

$ 子集对于 data.frame 类是唯一的。如果你检查class(sumstats)，你会发现它只是一个简单的矩阵。

只需运行sumstats <- as.data.frame(sumstats) 即可使用

sumstats$A01
#$mean
#[1] 13.04495
#
#$median
#[1] 13
#
#$sd
#[1] 0.2874512

这是你想要的吗？

编辑：

sumstats2 <- as.data.frame(t(sumstats))
res <- data.frame(samples, sumheight, sumstats2)
res
#    samples sumheight     mean median        sd
#A01     A01      6652 13.04495     13 0.2874512
#A02     A02        98 14.57143     15  0.497416

【讨论】：

谢谢，是的，我想它已经到了。但是，当我尝试在结果表中插入该列时，它会为每个样本（A01、A02 等）放入一个新列，该列中每一行的平均值相同。我尝试使用 sumstats2
并且不要忘记执行 data.frame(t(sumstats2)) 以将其保留为 data.frame，以便您可以使用 $ 进行子集化。否则，您可以只使用sumstats2[,"mean"]，它适用于矩阵或数据框
你的最终答案应该是sumstats <- as.data.frame(t(sumstats))
我将它与更大的数据集和更多列一起使用，但我试图在下面给出一个简化版本
非常感谢，现在可以了。不过有一件事。我刚刚添加了一个 mode = mode(data_e).不幸的是，输出是“数字”。请问有没有办法让这个计算工作？

【解决方案2】：

data <- data.frame(CAG = c(13, 14, 15), A01 = c(6485,35,132), A02 = c(0,42,56))

samples <- c('A01', 'A02')
sumheight <- colSums(data[ , 2:ncol(data)], na.rm=TRUE)

sumstats <- sapply(data[, 2:ncol(data)], function(x) {
  data_e <- rep(data$CAG, x)

  list(
    mean = mean(data_e),
    median = median(data_e),
    sd   = sd(data_e)
  )
})


sumstats2 <- as.data.frame(t(sumstats))
res <- data.frame(samples, sumheight, sumstats2$mean)

【讨论】：

非常感谢，现在可以了。不过有一件事。我刚刚添加了一个 mode = mode(data_e).不幸的是，输出是“数字”。请问有没有办法进行这个计算？