错误：无效的分组因子规范

Question

我正在尝试使用glmer 对珊瑚招募进行建模，并在重新缩放变量后运行模型时出现错误“错误：无效的分组因子规范，站点”。非常感谢您的帮助

m1<-glmer(Tot~cs.Tile(Tile)+cs.Coral_T(Coral_T)+cs.Sponge(Sponge)+
cs.Turf(Turf)+cs.Acro(Acro)+cs.Por(Por)+cs.Poc(Poc)+
cs.Mer(Mer)+cs.Agar(Agar)+cs.Fav(Fav)+
cs.Den(Den)+cs.Sid(Sid)+cs.CCA(CCA)+cs.Soft(Soft)+
  (1|Site), 
family=poisson, data=data)

我有 16 个变量和 368 个 obs：

str(data)
'data.frame':   368 obs. of  16 variables:
 $ Site   : Factor w/ 25 levels "Eight","Eighteen",..: 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 ...
 $ Tile   : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Tot    : int  28 24 17 13 29 19 6 13 14 4 ...
 $ Coral_T: num  32.6 32.6 32.6 32.6 32.6 ...
 $ Sponge : num  0.206 0.206 0.206 0.206 0.206 ...
 $ Turf   : num  32.3 32.3 32.3 32.3 32.3 ...
 $ Acro   : num  3.45 3.45 3.45 3.45 3.45 ...
 $ Por    : num  1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 ...
 $ Poc    : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Mer    : num  0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 ...
 $ Agar   : num  24.2 24.2 24.2 24.2 24.2 ...
 $ Fav    : num  1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 ...
 $ Den    : num  1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 ...
 $ Sid    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ CCA    : num  0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 ...
 $ Soft   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

Answer 1

我在调用update.merMod 时遇到了同样的错误，在重新缩放变量之后也是如此。在深入挖掘traceback() 堆栈并使用缩放和未缩放的数据集搜索我在那里找到的内容后，我发现问题出现在模型框架的创建中，并且由于我的缩放和居中算法失败而发生考虑原始变量中的NA 值。我最初执行的居中/缩放如下：

csData <- data %>% mutate(Var1 = (Var1 - mean(Var1) / sd(Var1),
                          Var2 = (Var2 - mean(Var2) / sd(Var2))

其中一个变量中有几个NA 值，并且以这种方式对其进行缩放和居中会导致csData 中的向量为空（全部为NA）。这随后（并且默默地）导致从model.frame() 返回一个空帧。虽然空框架是导致错误的原因，但它（错误）的出现是因为我（错误）在重新缩放期间处理了我的变量中的 NA 值。为sd() 和mean() 的调用设置na.rm=TRUE 为我解决了这个问题：

csData <- data %>% mutate(Var1 = (Var1 - mean(Var1, na.rm=TRUE) / sd(Var1, na.rm=TRUE),
                          Var2 = (Var2 - mean(Var2, na.rm=TRUE) / sd(Var2, na.rm=TRUE))