如何输入表格数据并输出圆形包装图？答案

【问题标题】：How to input tabular data and output circular packing plot?如何输入表格数据并输出圆形包装图？
【发布时间】：2019-11-29 15:10:02
【问题描述】：

我真的很困惑我应该使用什么输入，我无法从示例数据集中解决它。

我有一个这样的数据集：

node1   node2   edge_score
x1      x2      0.1
x1      x3      0.2
x8      x4      0.1
x4      x5      0.4
x6      x7      0.5

（在现实生活中，分数表示两个节点的相似程度）。

我想在these 圆形包装图中绘制这些。

但与他们用作示例的耀斑数据集相比，我无法弄清楚如何输入我的数据（因为我猜这里我可以输入两个顶点，节点 A 和节点 B？）。

所以输入应该是上面的表格，输出应该是带有三个较小子圆圈的气泡图（一个大圆圈）：

One circle has x1, x2 and x3
one circle has x8, x4 and x5
one circle has x6 and x7

如果可以将边缘分数合并到圆圈的大小中，那会很棒，但我不知道边缘是如何包含在这个分析中的，但是，它们会被读入示例中吗？或者我猜即使有人可以演示如何更改节点大小，如果我添加另一个具有某些节点大小或其他内容的列。

【问题讨论】：

标签： r igraph ggraph

【解决方案1】：

ggraph 的文档表明“circlepacking”基本上是一个树形图，因此该图应该反映一个层次结构。

按照定义，您的图表产生三个不相连的组：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(ggraph)

df <- read.table(text="node1   node2   edge_score
x1      x2      0.1
x1      x3      0.2
x8      x4      0.1
x4      x5      0.4
x6      x7      0.5", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)


g <- graph_from_data_frame(
  df,
  directed = TRUE
)

ggraph(g, layout = "auto") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_text(aes(label = name)) +
  coord_fixed()

如果我稍微修改一下，我会尝试更接近你所要求的情节（不完全接近）：

df <- read.table(text="node1   node2   edge_score
x1      x2      0.1
x1      x3      0.2
x2      x6      0.1
x2      x7      0.3
x3      x4      0.1
x4      x5      0.4
x4      x8      0.5", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

g <- graph_from_data_frame(
  df,
  directed = TRUE
)

g <- graph_from_data_frame(
  df,
  directed = TRUE
)

V(g)$r = 1

ggraph(g, layout = "auto") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_text(aes(label = name)) +
  coord_fixed()

ggraph(g, layout = "circlepack") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_circle() +
  geom_node_text(aes(label = name)) +
  coord_fixed()

图形更像“树状”

而且它的“circlepacks”更好一点

HTH

【讨论】：