加载数据 R 闪亮

Question

如果之前有人问过这个问题，我深表歉意。 我正在尝试运行一个基本的 R 闪亮应用程序，我将关键字作为文本输入，在该关键字上搜索数据框，然后打印结果（数据框中的某些项目）

我不知道我哪里出错了。当我运行下面的代码时，什么都没有发生！没有提交/操作按钮，因为我在 textInput 中使用默认值。

# ui.R

shinyUI(fluidPage(
  h1("Gene Finder",align="left"),
  fluidRow(
    column(3, 
           wellPanel(textInput("text", label = h4("Enter Identifier"), value = "BRCA1"))
           ),
    column(6,verbatimTextOutput("genename"))
    )
    )
)

服务器.R

# Server.R
setwd("/shiny-apps/sample-apps/test-1")
load("/shiny-apps/sample-apps/test-1/GenesHg19.RData")

findIdentifier <- function(genename) {
  if(length(grep("ENSG",genename))==0) {
    genename <- as.character(GenesHg19$external_gene_id[which(GenesHg19$external_gene_id==genename)])
  } else {
    genename <- as.character(GenesHg19$ensembl_gene_id[which(GenesHg19$ensembl_gene_id==genename)])
  }
  return(genename)
}

shinyServer(function(input,output) {
  tada <- reactive({ findIdentifier(genename=as.character(input$text)) })
    output$genename <- renderPrint({
        paste("Other known identifiers of",input$text,"are",tada)
    })
})

GenesHg19.RData 看起来像这样

Answer 1

这是一个工作示例，您能解释一下 findIdentifier 函数的用途吗？

GenesHg19$ensembl_gene_id[which(GenesHg19$ensembl_gene_id==genename)]

将始终返回一个长度为 0 的向量或 N x 基因名称的向量，因此 renderPrint 将返回“其他已知的基因名称标识符是”或 N 次“其他已知的基因名称标识符是基因名称”

library(shiny)
# setwd("/shiny-apps/sample-apps/test-1") # redundant, shiny server automatically sets the app folder to be working directory
load("GenesHg19.RData")
shinyApp(
  ui = shinyUI(fluidPage(
    h1("Gene Finder",align="left"),
    fluidRow(
      column(3, 
             wellPanel(textInput("text", label = h4("Enter Identifier"), value = "BRCA1"))
      ),
      column(6,verbatimTextOutput("genename"))
    )
  )
  ),
  server = shinyServer(function(input,output,session) {
    findIdentifier <- function(genename) {
      if(grepl(x=genename, pattern = 'ENSG')) {
        genename <- as.character(GenesHg19$ensembl_gene_id[which(GenesHg19$ensembl_gene_id==genename)])
      } else {
        genename <- as.character(GenesHg19$external_gene_id[which(GenesHg19$external_gene_id==genename)])
      }
      return(genename)
    }
    tada <- reactive({ findIdentifier(genename=as.character(input$text)) })
    output$genename <- renderPrint({
      paste("Other known identifiers of",input$text,"are",tada()) # reactive variable is function therefore has to be followed by ()
    })
  })
)

Answer 2

这里的问题是 shinyServer() 本身不是一个反应函数，因此不会注意到用户的输入。为了让genename 使用用户的输入进行更新，有必要将genename 变量的赋值包装在对renderPrint() 的调用中，因为renderPrint() 是 一个反应函数并且会注意到用户的输入。

在您启动 Shiny 应用程序后，值得回顾一下 R 控制台；控制台显示出现的任何错误，而 Shiny 窗口可能会静默失败。例如，您会注意到 warmoverflow 提到的拼写错误，因为 R 会说它查找变量“gename”但没有找到。

希望这会有所帮助！