【问题标题】:posterior predictive distribution from brms (logistic regression)来自 brms 的后验预测分布(逻辑回归)
【发布时间】:2017-10-30 16:34:51
【问题描述】:

我是 stanbrms 的新手,无法提取后验预测分布。假设我有一个简单的逻辑回归

fit = brm(y ~ x, family="bernoulli", data=df.training)

其中y 是二进制的,x 是连续的。对于测试数据(甚至是训练数据),我想我现在可以通过在

中更改 probs 来掌握伯努利概率 p 的预测分布
predict(fit, df.test, probs=seq(0, 1, 0.1))

但是,虽然此命令的输出为我提供了在[0,1] 范围内连续的估计值(这是有道理的),但置信区间值似乎是二进制的(这对我来说没有意义)... 如何我要得到p 的整个后验预测分布吗?

【问题讨论】:

  • 使用posterior_predict函数。
  • 仍然返回二进制值,但是,posterior_linpred(transform=TRUE) 实际上做了我想要的......我想这只是对于可观察量与实际响应变量不同的模型的问题。
  • 还有pp_check 函数可以制作一些漂亮的图。

标签: r stan


【解决方案1】:

这个问题显然是很久以前的问题了。但我偶然发现了它,并认为它与我自己的问题产生了共鸣。

根据我对逻辑回归模型的实验,我认为以下默认输入是正确的:

  1. posterior_linpred给出了连续线性刻度;
  2. fitted给出了0到1之间的连续概率尺度;
  3. predict 给出了二进制 [0,1] 尺度预测

我手头没有 Beta-Binomial 模型(对我来说,这是一个很好的过度分散逻辑示例)来测试 posterior_linpred 的结果,但我相信fittedpredict 将在结果量表上。

【讨论】:

  • 感谢您添加这个答案,尽管年龄很大,对于将来面临类似问题的任何人来说,这应该是一个非常好的起点!
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