RStudio 不断与 Rcpp 崩溃

Question

我想了解导致该程序崩溃的原因。我已经看到至少三个相关的问题here、here 和here，但我还没有找到解决问题的明确答案，所以这里有一些示例代码来复制问题。

R 代码：

library(Rcpp)

Rcpp::sourceCpp("myfunction.cpp")

data1      <- rnorm(2000)
data2      <- rnorm(2000)

mydata <- matrix(cbind(data1, data2), nrow=2000, ncol=2)
values <- log(1:6)

for (i in 1:1000) {
  myfunction(values, mydata)
}

C++ 代码：

#include "Rcpp.h"
#include "math.h"
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
double myfunction(const NumericVector& theta, const NumericMatrix& data) {

  double ans = 0;

  int theta_size = theta.length();
  NumericVector mytheta(theta_size);

  int data_size = data.nrow();
  NumericMatrix mat(data_size, 2);

  for (int i = 0; i < theta_size; i++) {
    mytheta(i) = exp(theta(i));
  }

  if ( true ) {  // Flow control

    for (int i = 0; i < data_size; i++) {
      mat(i, 1) = pow(data(i-1, 1), 2) + mytheta(1)*mat(i-1, 1);
      ans = ans + 1;
    }

    for (int i = 0; i < data_size; i++) {
      mat(i, 2) = pow(data(i-1, 2), 2) + mytheta(4)*mat(i-1, 2);
      ans = ans + 1;
    }

  }

  Rcout << "Ok!\n";

  return ans;
}

一切正常至少在第一次我使用myfunction()，但在R for 循环中调用时它会崩溃。我重新安装了 R、Rtools 和 RStudio（在 Windows 上），看看安装是否有问题，但我仍然面临同样的问题。

这使得 R 和 C++ 之间的无缝集成不像我最初想象的那样无缝，而且由于我发现我不是唯一一个面临这个问题的人，看起来我们都在做一些 明显的错误从 Rcpp 开始时（至少在 RStudio 上），但它是什么？

基本上，我想确保我没有遗漏一些完全明显的东西，因为到目前为止我所看到的所有答案似乎都暗示确实如此。

注意：这是我一直在使用 Rcpp 测试的较长函数的缩短版本，最初的版本似乎在我调用它的前 几次 次都可以正常工作，但它最终也会崩溃。

更新：删除了 rm()，哎呀。

Answer 1

for (int i = 0; i < data_size; i++) {
  mat(i, 1) = pow(data(i-1, 1), 2) + mytheta(1)*mat(i-1, 1);
  ans = ans + 1;
}

当i == 0 时，您尝试访问data(-1, 1)，然后事情就从那里变成了梨形。它在你第一次运行时没有崩溃的事实只是意味着你很幸运（或者很不幸，因为它诱使你产生一种虚假的自信感）。

Answer 2

所以这里有一个修复版

• @HongOoi 对循环索引的修正
• 我对列的更正
• C++ 文件中的 R 代码
• 调用 N 次 C++ 代码没有输出
• 最后输出
• 播种 RNG 以使其可重现

代码

#include "Rcpp.h"
#include "math.h"
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
double myfunction(const NumericVector& theta, const NumericMatrix& data) {

  double ans = 0;

  int theta_size = theta.length();
  NumericVector mytheta(theta_size);

  int data_size = data.nrow();
  NumericMatrix mat(data_size, 2);

  for (int i = 0; i < theta_size; i++) {
    mytheta(i) = exp(theta(i));
  }

  if ( true ) {  // Flow control

    for (int i = 1; i < data_size; i++) {
      mat(i, 0) = pow(data(i-1, 0), 2) + mytheta(1)*mat(i-1, 0);
      ans = ans + 1;
    }

    for (int i = 1; i < data_size; i++) {
      mat(i, 1) = pow(data(i-1, 1), 2) + mytheta(4)*mat(i-1, 1);
      ans = ans + 1;
    }

  }

  //Rcout << "Ok!\n";

  return ans;
}

/**** R
set.seed(123)
data1      <- rnorm(2000)
data2      <- rnorm(2000)

mydata <- matrix(cbind(data1, data2), nrow=2000, ncol=2)
values <- log(1:6)

for (i in 1:1000) {
  myfunction(values, mydata)
}
cat("Success\n")
*/

演示

edd@rob:~$ Rscript -e 'Rcpp::sourceCpp("/tmp/trusky.cpp")'

R> set.seed(123)

R> data1 <- rnorm(2000)

R> data2 <- rnorm(2000)

R> mydata <- matrix(cbind(data1, data2), nrow = 2000, 
+     ncol = 2)

R> values <- log(1:6)

R> for (i in 1:1000) {
+     myfunction(values, mydata)
+ }

R> cat("Success\n")
Success
edd@rob:~$