与 rmarkdown html 文档共享数据的首选方式？答案

【问题标题】：Preferred way to share data with rmarkdown html document?与 rmarkdown html 文档共享数据的首选方式？
【发布时间】：2018-07-02 14:17:00
【问题描述】：

我创建了一个 rmarkdown html 文档来共享 R 中分析的代码。我也想包含数据，但我不确定提供数据的最方便的方式（对于接收者）。我可以像这样将 CSV 作为 URI 数据方案嵌入：

<a download="HUGEvirus.csv" href="`r sprintf('data:text/csv; base64,%s', encoded)`">Download data as CSV</a>

或提供一个范围从原始到花哨的 HTML 表格：

```{r echo=FALSE}
knitr::kable(iris)
```

我相信还有其他选择。假设数据集与 datasets::iris 具有相似的维度，我如何共享一个数据集：

-可从大多数平台/软件访问
- 可以很容易地读入 R
- 可与包含代码的 rmarkdown 文档打包，即单个文件共享
- 是最小的文件大小

如果数据集的维度大 100 倍怎么办？

【问题讨论】：

您如何定义“最佳”？按照目前的措辞，这个问题似乎是基于意见的，这被认为是 Stack Overflow 的题外话。也许您可以进行编辑，以便更轻松地提供可以测试以满足您的特定要求的答案。
这里有几个选项：cran.r-project.org/web/packages/kableExtra/vignettes/…
我编辑了帖子以提供标准@MrFlick
您希望数据在文档中可见，还是足以将其嵌入到 HTML 代码中？它真的需要在文档中吗？尤其是在“100 倍大”的情况下，在线某处托管数据似乎要容易得多。将其发布到 (github|dropbox|onedrive|google drive|whatever you like) 并在文档中添加链接。

【解决方案1】：

检查 DT::datatable。在 rmarkdown / html_output 和打印表中使用 extensions = 'buttons'。检查这个 https://rstudio.github.io/DT/extensions.html

在带有按钮扩展的 DT::datatable 中绘制数据，将允许用户下载 CSV/excel 中的选择或所有数据（在 Chrome 中打开时）。

这将有助于： - 用户获取数据 - 由于 excel/csv，r 可以再次读取数据 - 可用于大型数据集（我已经尝试了 60,000 多条记录） - 代码可以通过块选项共享echo=TRUE

希望这会有所帮助。无法共享样本，但如果您共享一些具有所需输出的数据，我们可以进行测试。干杯！！

【讨论】：