在 Ubuntu 14.04LTS 上安装 Pandoc 以与 R Markdown 一起使用时出现问题

Question

这个问题是我尝试通过knitr 和rmarkdown R 包从R Markdown 文档中获得一些经验的必然结果。虽然.Rmd => HTML 转换似乎是在 RStudio（Knit HTML 按钮）内自动进行的，但我尝试在 RStudio 之外进行相同操作（Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")'）失败了，因为根据消息，我的上缺少pandoc系统。这很可能是错误的，因为 RStudio 以某种方式设法执行了转换。因此，很可能是访问和/或路径问题。

在不知道 RStudio 维护 pandoc 的位置以及有关访问权限的详细信息的情况下，我决定自己安装 pandoc。不幸的是，sudo apt-get install pandoc 并不是很有帮助，因为 Ubuntu 的 trusty 存储库 (14.04LTS) 中 pandoc 的当前版本是 1.12.2.1。根据rmarkdown的消息，需要1.12.3或更高版本。 “没什么大不了的”，我想，并按照说明安装pandoc，以防存储库中的版本太旧（http://johnmacfarlane.net/pandoc/installing.html）。这需要安装 Haskell 平台，该平台非常大而且输出相当冗长。一段时间后，我终于收到了以下失败消息：

[ 6 of 57] Compiling Text.Pandoc.Readers.TeXMath ( src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs, dist/build/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.o )

src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:30:38:
    Ambiguous occurrence `readTeXMath'
    It could refer to either `Text.Pandoc.Readers.TeXMath.readTeXMath',
                             defined at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:56:1
                          or `Text.TeXMath.readTeXMath',
                             imported from `Text.TeXMath' at src/Text/Pandoc/Readers/TeXMath.hs:33:1-19
                             (and originally defined in `Text.TeXMath.Parser')
Failed to install pandoc-1.12.4.2
cabal: Error: some packages failed to install:
pandoc-1.12.4.2 failed during the building phase. The exception was:
ExitFailure 1
pandoc-citeproc-0.3.1 depends on pandoc-1.12.4.2 which failed to install.

首先，我不确定如何修复它。其次，我非常怀疑应该有一种更简单的方法来享受使用rmarkdown 和pandoc 生成可重现的报告，而不是这样。 您的建议将不胜感激！

更新（见 cmets）：

Rscript -e 'library(rmarkdown); render("knitr-example-slides-1.Rmd")'


processing file: knitr-example-slides-1.Rmd
  |.......                                                          |  11%
  ordinary text without R code

  |..............                                                   |  22%
label: setup (with options)
List of 1
 $ include: logi FALSE

Quitting from lines 6-8 (knitr-example-slides-1.Rmd)
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'opts_chunk' not found
Calls: render ... handle -> withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval

Execution halted

Answer 1

基本上，@daroczig 在上面的评论中回答了这个问题，所以我会在这里重复一遍，另外会添加一个关于该问题的相关次要问题的答案，出现在主要问题的问题修复之后。

1) “Pandoc 的二进制编译版本已经与 RStudio 一起提供，因此您可以简单地创建一个符号链接，以便您可以轻松地在 RStudio 生态系统之外使用它：@987654321 @";

2) 我已经修复了在应用上述建议后遇到的错误（请参阅我的评论），通过使用 explicit package reference 调用 opts_chunk()：knitr::opts_chunk()，遵循此处的指南：@987654322 @（感谢@Yihui 在另一个问题中将我指向此文档：Transitioning research project to knitr-based setup）。