无法在 Shinyapp.io 上使用 RJDBC

Question

我编写了一个闪亮的应用程序，它可以在我的本地机器上完美运行。我使用 RJDBC 连接到 IBM Cloud 中的 DB2 数据库。代码如下。

#Load RJDBC
dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.0.4.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
# dyn.load('/Users/parthamajumdar/Documents/Solutions/PriceIndex/libjvm.dylib')
library(rJava)
library(RJDBC)

由于路径是硬编码的，我将文件 libjvm.dylib 复制到项目目录并指向它。当我这样做时，R 给出了一个致命错误。

我删除了绝对路径并替换为“./libjvm.dylib”并将应用程序部署在 ShinyApp.io 网站上。当我运行程序时，它给出了一个致命错误。

#Values for you database connection
dsn_driver = "com.ibm.db2.jcc.DB2Driver"
dsn_database = "BLUDB"            # e.g. "BLUDB"
dsn_hostname = "dashdb-entry-yp-lon02-01.services.eu-gb.bluemix.net"   # e.g. replace <yourhostname> with your hostname, e.g., "Db2 Warehouse01.datascientstworkbench.com"
dsn_port = "50000"                # e.g. "50000" 
dsn_protocol = "TCPIP"            # i.e. "TCPIP"
dsn_uid = "<UID>"              # e.g. userid
dsn_pwd = "<PWD>"            # e.g. password

#Connect to the Database
#jcc = JDBC("com.ibm.db2.jcc.DB2Driver", "/Users/parthamajumdar/lift-cli/lib/db2jcc4.jar");
jcc = JDBC("com.ibm.db2.jcc.DB2Driver", "db2jcc4.jar");
jdbc_path = paste("jdbc:db2://",  dsn_hostname, ":", dsn_port, "/", dsn_database, sep="");
conn = dbConnect(jcc, jdbc_path, user=dsn_uid, password=dsn_pwd)

同样，我将文件“db2jcc4.jar”复制到我的本地项目目录中。如果我在本地机器上指向该文件的本地项目目录，程序就可以工作。但是，当我在 ShinyApp.io 上部署时，它给出了致命错误。

请求您让我知道我需要做什么才能使应用程序在 ShinyApp.io 网站上正常运行。

当我从 Shiny 服务器运行应用程序时，错误如下：

Attaching package: ‘lubridate’

The following object is masked from ‘package:base’:

    date

Loading required package: nlme
This is mgcv 1.8-23. For overview type 'help("mgcv-package")'.
Error in value[[3L]](cond) : 
  unable to load shared object '/srv/connect/apps/ExpenseAnalysis/Drivers/libjvm.dylib':
  /srv/connect/apps/ExpenseAnalysis/Drivers/libjvm.dylib: invalid ELF header
Calls: local ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

Answer 1

对我有用的是以下内容，它独立于操作系统。

1. 在extdata 文件夹中的某处创建您自己的R 包，其中包含您需要的文件。例如，您的包可能是yourpackage，文件可能类似于extdata/drivers/mydriver.lib。通常，这将存储在此位置inst/extdata/drivers。详情请见http://r-pkgs.had.co.nz/inst.html。

2. 将此包存储在 github 上，如果您想要隐私，则需要弄清楚如何授予访问令牌。

3. 使用devtools 包来安装它。命令将是这样的，devtools::install_github("you/yourpackage", auth_token = "youraccesstoken")。在部署到 Shiny.io 之前执行一次。确保您也执行library(yourpackage)。包提交过程将解决它需要从 Github 获取。

4. 使用以下 R 代码查找文件。 system.file('extdata/drivers/mydriver.lib, package='yourpackage')。这将为您提供文件的完整路径，您可以使用它。