R Mysql dbconnect 参数答案

【问题标题】：R Mysql dbconnect parametersR Mysql dbconnect 参数
【发布时间】：2016-12-07 14:14:37
【问题描述】：

我正在运行一个使用 RMySQL 包连接到 MySQL 数据库 的 R 程序，并且一切正常。但是现在我想通过 RSCRIPT 运行相同的程序，并且想传递连接参数，就像这样

library(RMySQL)
con_str <- "MySQL(), user = 'root', password = '', dbname = 'nepal_statagri', host = 'localhost'" (this is the string I want to pass as a parameter to RScript)
mysqlconnection = dbConnect(con_str)

但它不起作用，我收到一条消息：

“（函数（类，fdef，mtable）中的错误：无法找到一个用于签名的函数“dbConnect”的继承方法 ‘“字符”’”。

我能做什么？

【问题讨论】：

RMySQL dbConnect 没有可以接受此格式的单个连接字符串的版本。您必须在 R 脚本中解析输入字符串，或者可能使用 MySQL 组。
我试过这种方式，但结果是一样的。或者你可以给我举个例子？
看看下面@sinQueso 给出的答案，你需要修复你的语法或使用组，RMySQL API 不允许你做你想做的事。

标签： mysql r

【解决方案1】：

如错误消息所示，您正在尝试通过向数据库传递一个字符向量来连接数据库。那是行不通的。

一种选择是在脚本中使用正确的语法：

library(RMySQL)
mysqlconnection <- dbConnect(RMySQL::MySQL(),
                            user = 'root',
                            password = '',
                            dbname = 'nepal_statgri',
                            host = 'localhost')

但是，您提到使用 Rscript。所以我的理解是，您有兴趣拥有一个不存储连接详细信息的 R 文件，而是希望将这些详细信息作为参数从 shell 终端传递。

这样做的一个选择是使用包docopt，它允许您轻松地为您的R 脚本创建命令行界面。例如，如果您将以下内容保存在名为 connect_mysql.R 的文件中：

'usage: connect_mysql.R [--user <user> --password <pwd> --db <database> --host <host>]

options:
  --user username
  --password password
  --db database
  --host host
' -> doc

library(docopt)
library(RMySQL)

opts <- docopt(doc)

con <- dbConnect(RMySQL::MySQL(),
          username = opts$user,
          password = opts$password,
          dbname  = opts$db,
          host  = opts$host)
dbListTables(con)
dbDisconnect(con)

然后您就可以使用 Rscript 调用它并传递您的连接详细信息：

Rscript connect_mysql.R --user root --password password --db nepal_statgri --host localhost

【讨论】：

非常感谢，这正是我需要的！但是....我已经从 CRAN 下载了 DevTools 和 Docopt 两个软件包并安装了它们，但我无法运行它们，因为它们需要其他软件包；我一一尝试并安装了Memoise，Digest，Httr，Withr，R6 ....这似乎是一个永无止境的故事。是一个我可以获得所有依赖项的地方吗？
docopt 可从 CRAN 获得，并且具有最小的依赖性。如果你在 R 终端输入install.packages("docopt")，所有的依赖都会被安装。您不需要devtools 来安装它（仅当您想从 github 安装最新版本时）。
完美！我不知道我为什么要遵循 github 的说明......非常感谢，它对我的工作真的很有用
抱歉，我无法运行它。当我在命令行中使用我的所有参数发出 Rscript 命令时（正如您所写的那样），屏幕上只打印了用法，没有任何反应。哪个是我的错误？
事实证明，使用-h 是不可能的，因为它与R（因此Rscript）提供的参数冲突，并且它们在传递给@987654334 之前被拦截@（见here）。我更新了答案以使用更长的参数名称以避免遇到此问题。