将 Bookdown 编译为 Markdown？答案

【问题标题】：Compile Bookdown to Markdown?将 Bookdown 编译为 Markdown？
【发布时间】：2019-09-30 08:36:32
【问题描述】：

有什么方法可以将 Bookdown 项目构建为 Markdown 而不是 HTML 或 TeX？

我问是因为我需要对 Bookdown 的最终 Markdown 输出进行后处理，以便提取 R 和 Python 笔记本以供下载。

更详细地说，我正在使用 Bookdown 构建一个嵌入笔记本以供下载的教科书，其中笔记本包含 bookdown .Rmd 文件中的代码和文本的子集。例如，一个章节可能包含多个笔记本。

为了做到这一点，我在 RMarkdown 输入文本中放置了开始和结束注释标记以识别将成为笔记本的部分，然后对生成的 Markdown 文件进行后处理以提取笔记本部分。就像这样：

<!--- notebook: first_section.Rmd
-->

Some explanation, maybe using Bookdown extra markup such as @a_citation.

```{r}
a <- 1
a
```

<!--- end of notebook
-->

More markdown.

```{r}
# More code not in notebook.
b <- 2
```

显然我可以使用输入 RMarkdown 页面，但这会很难看，因为所有扩展的 Bookdown 标记，如引用、交叉引用等，都会以原始和丑陋的形式出现在生成的笔记本中。所以我真的很希望能够在合并、解析引用和交叉引用之后获得最终的输出 Markdown。有什么办法吗？

我的问题类似于this as-yet unanswered question，但增加了我对这个问题的官方解决方案的动力。

【问题讨论】：

你可以尝试在对render_book()bookdown::render_book('index.Rmd', clean = FALSE)的调用中将clean选项设置为FALSE，（来自：github.com/rstudio/bookdown/issues/317）
抱歉，我应该说，我已经尝试过 clean=FALSE，但这会在源目录中留下中间的 .utf8.md 文件，这些文件与我已经进入的章节 .md 文件相同来自 knit / merge build 的输出目录。这些文件确实解析了一些标记，但它们没有解析 (ref:foo) 或引用引用。

标签： r r-markdown bookdown

【解决方案1】：

在 CRAN 上使用最新版本的 bookdown，您可以使用输出格式 bookdown::markdown_document2，例如，

output: 
  bookdown::markdown_document2:
    base_format: rmarkdown::md_document
    variant: gfm

【讨论】：