是否可以在不复制/粘贴的情况下将一个（或 2 个或 3 个）代码块从一个 R Markdown 文档复制到另一个 R Markdown 文档？

Question

我读过以前问过类似的问题here、here 和here（等等）。

很遗憾，为这些问题提供的解决方案似乎都无法解决我的问题。

我尝试了@bryanshallowayhere写的函数，但没有得到想要的结果。

有关更多上下文，我正在使用 R Markdown 工作流程制作科学手稿。我在一个笔记本上执行 EDA，然后回来在另一个笔记本上写手稿。我导入数据、整理数据、创建表格，并在 EDA 笔记本中进行一些基本的可视化，并包含叙述性文本（主要是为我自己）。

然后我创建一个单独的笔记本来写手稿。为了保持它的可重复性，我想包括 EDA 中关于数据导入、整理和整理的所有步骤，但是我不需要随之而来的评论。此外，我可能想要一些（但绝对不是全部）我在 EDA 期间创建的表格和基本可视化，但我需要大量构建它们以准备发布。

我当前的工作流程只是复制和粘贴相关的代码块，然后在必要的地方添加表格和图形（即，为 ggplot 添加标签和标题）。

有没有办法将这些单独的代码块从一个 R Markdown 文件/R Notebook“源”到另一个？也许使用 knit_child （但不将整个 R Markdown 文件带入当前父文件）？

我想避免将所需的代码块复制到单独的 R 脚本中。

谢谢！

Answer 1

knitr purl 和 spin 非常有可能：

好吧，假设这是您的初始 Rmarkdown 报告： 调用文件report1.Rmd

    ---
    title: Use `purl()` to extract R code
    ---
    
    The function `knitr::purl()` extracts R code chunks from
    a **knitr** document and save the code to an R script.
    
    Below is a simple chunk:
    
    ```{r, simple, echo=TRUE}
    1 + 1
    ```
    
    Inline R expressions like `r 2 * pi` are ignored by default.
    
    If you do not want certain code chunks to be extracted,
    you can set the chunk option `purl = FALSE`, e.g., 
    
    ```{r, ignored, purl=FALSE}
    x = rnorm(1000)
    ```

然后你去控制台并 purl 文件：

> knitr::purl("report1.Rmd")

这会在您所在的同一目录中创建一个名为 report1.R 的 R 文件， 只有不是 purl=false 的块。 它是一个简单的 R 脚本，如下所示：

## ---- simple, echo=TRUE----------------------------------------------------------------------------
1 + 1

为了安全起见，让我们重命名文件：

> file.rename("report1.R", "report_new.R")

最后让我们把它转回report_new.Rmd：

> knitr::spin("report_new.R", format = "Rmd", knit=F)

这会为您提供一个名为 report_new.Rmd 的新 Rmd 文件，其中仅包含相关块，没有其他内容

    ```{r simple, echo=TRUE}
    1 + 1 
    ```