使用 XLConnect 将 Excel 文件读取到 R：Java 内存不足

Question

我正在使用 XLConnect 将 Excel 工作表读入 R。它工作得很好。但是，如果我重新运行该命令（例如，在更改 Excel 文件中的值之后），该函数将耗尽内存。

我正在阅读的文件/表格有 18 列和 363 行数字数据。

错误信息是

Error: OutOfMemoryError (Java): Java heap space

出现在readWorksheetFromFile 调用的第二次（相同）运行中。我试图通过重复运行来自this example 的输入调用来生成 MWE，但该文件似乎无法重现该错误。

我使用的 Excel 文件有许多相互关联的表格，大约 3 MB。我正在阅读的工作表也链接到其他人，但我设置了useCachedValues = TRUE。

在我看来，执行第一次调用后，Java 内存没有被清除。然后第二个调用尝试将更多数据填充到内存中，这导致调用失败。 是否可以强制对 Java 内存进行垃圾回收？ 目前，唯一的解决方案是重新启动 R 会话，这对我的客户来说并不实用。

我知道扩展 Java 内存可能会解决这个问题，但我觉得这是一个笨拙的解决方案。我希望找到一种方法来转储以前调用的内存。

我也尝试过使用更详细的 loadWorkbook 和 readWorksheet 函数。发生同样的错误。

如果您需要任何其他有用的信息，请告诉我！

Answer 1

你应该看看

?xlcFreeMemory

和

?xlcMemoryReport

如果您要进行多次运行并希望在其间进行清理，则 XLConnect 包文档中也提到了这一点。