在 biomart 中检索 SNP 位置，命令挂起答案

【问题标题】：retrieve SNP location in biomaRt, command hangs在 biomart 中检索 SNP 位置，命令挂起
【发布时间】：2017-10-12 21:45:11
【问题描述】：

我试图检索有关 SNP 位置的信息。我尝试按照该网站上的答案的说明进行操作，但该命令不再起作用：

library(biomaRt) # biomaRt_2.30.0

snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp")

snp_ids = c("rs16828074", "rs17232800")
snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start")

snp_locations = getBM(attributes=snp_attributes, filters="snp_filter", 
                      values=snp_ids, mart=snp_mart)

等了半天出现如下错误：

Error in value[[3L]](cond) : 
  Request to BioMart web service failed. Verify if you are still connected to the internet.  Alternatively the BioMart web service is temporarily down.

自上一个版本以来，biomaRt 命令有什么变化吗？还是我做错了什么？

【问题讨论】：

如消息所述，服务可能已关闭？
这已经持续了数周，服务器网站似乎运行良好 (ensembl.org)。并且同一服务器中的所有其他数据集似乎都在工作（基因、蛋白质等）。这个问题只存在于 SNP 数据集，正是我需要的。
我现在遇到同样的错误。尝试联系 helpdesk@ensembl.org，他们很有帮助。
谢谢！现在，我通过使用较旧的 ensembl 存档作为主机找到了解决方法。但我肯定会联系他们。

标签： r biomart

【解决方案1】：

这更像是一种解决方法，而不是这个问题的明确答案。但是现在 Ensembl 的版本是 90。如果我使用以前版本的存档主机（v89，来自http://may2017.archive.ensembl.org），SNP 数据集又可以工作了。所以这是我的临时解决方案，而 v90 不适用于 SNP：

library("biomaRt")
snp_mart = useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp", host='may2017.archive.ensembl.org')

snp_ids = c("rs16828074", "rs17232800")

snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start")

snp_locations = getBM(attributes=snp_attributes, filters="snp_filter", 
                       values=snp_ids, mart=snp_mart)

结果应该是这样的：

snp_locations
   refsnp_id chr_name chrom_start
1 rs16828074        2   231454043
2 rs17232800       18    68625022

【讨论】：