如何使用循环来更改变量[重复]答案

【问题标题】：How to use a loop to change a variable [duplicate]如何使用循环来更改变量[重复]
【发布时间】：2018-04-25 15:38:39
【问题描述】：

有没有办法使用循环来编写这段代码？除了物种名称之外，每一行代码都是相同的

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
ensembl_mouse <- useMart("ensembl", 
                     dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
ensembl_chicken <- useMart("ensembl",
                       dataset = "ggallus_gene_ensembl")

【问题讨论】：

lapply(setNames(, c("hsapiens", "mmusculus", "ggallus")), function(x) useMart("ensembl", dataset = sprintf("%s_gene_ensembl", x))) 也许吧。

标签： r bioinformatics biomart

【解决方案1】：

这是一种方法。请注意，使用循环（或循环等效结构）来填充全局环境通常不是一个好主意。但这是你要求的。

useMart 没有什么特别之处，所以我会编一个带有两个字符参数的废话函数：

foo <- function(x, y) {
  nchar(paste(x, y))
}

这是物种名称。我也会将它们用于对象名称。

species <- c("hsapiens", "mmusculus", "ggallus")

现在，您要在全局环境中创建三个命名对象。您可以为此使用assign 函数，注意您使用pos=2 因为lapply 的每个循环都是在其自己的环境中完成的。

lapply(species, function(s) assign(paste0("ensembl_", s),
                                   foo("ensemble", paste0(s, "_gene_ensembl")),
                                   pos = 1))

这会给你你想要的。你可以用useMart替换foo。

现在，这是个好主意吗？也许不是。我更倾向于将对象本身保存在一个列表中。

objs <- lapply(species, function(s) foo("ensemble", paste0(s, "_gene_ensembl")))
names(objs) <- paste0("ensemble_", species)

您可以使用 objs$ensemble_hsapiens 或 objs[["ensemble_hsapiens"]] 等语句访问它们

【讨论】：