查询 biomart 时出现内部服务器错误？答案

【问题标题】：Internal Server Errors when querying biomart?查询 biomart 时出现内部服务器错误？
【发布时间】：2020-02-03 01:49:36
【问题描述】：

使用 biomaRt 包执行 R 命令时，我经常收到错误“内部服务器错误 (HTTP 500)”。使用基本命令，如

ensembl<-useMart("ensembl")
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

这些命令偶尔会起作用。我不确定这是否是 Biomart 服务器端的问题，或者是否有什么可能导致我端出现问题，例如旧包（我尝试重新安装 Biomart）。有没有人处理过类似的问题？

【问题讨论】：

标签： r biomart

【解决方案1】：

我通过将镜像参数设置为“useast”来规避这个问题。有效的镜像选项是“www”、“uswest”、“useast”、“asia”。如果未指定镜像，则将使用 www.ensembl.org 上的主站点（看起来它们在主站点上过载）。

ensembl = useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", mirror = "useast")

【讨论】：