使用方法“pmm”，同时从插补中排除变量

Question

我目前正在使用“pmm”方法使用 R 包鼠标输入数据。 最小工作示例（给定数据集已加载并正确指定变量）：

library(mice)
Example_imp <- mice(Example_data, m = 5, maxit = 50, method = "pmm", seed = 500)

我还想从插补中排除一些变量（社会人口学变量）。它们应该用作预测变量，但它们没有缺失值，这就是为什么它们不需要插补。我找到了一种指定方法的方法，以便将指定的变量排除在插补之外：

init <- mice(Example_data, maxit = 0) 
meth <- init$method
meth[c("Age", "Nationality", "Gender", "Educ")]=""
Example_imp2 <- mice(Example_data, m = 5, maxit = 50, method = meth, seed = 500)

但是当我估算数据时，我只能指定一次“方法”，即指定method = "pmm" 或method = meth。我不能“双重指定”它。那么我该如何使用 pmm 方法，为什么仍然从插补中排除一些变量并仅将它们用作预测变量？

Answer 1

你需要在mice()中设置一个predictorMatrix值

例如，nhanes 数据集：

   age  bmi hyp chl
1   1   NA  NA  NA
2   2 22.7   1 187
3   1   NA   1 187
4   3   NA  NA  NA

所有变量都用于插补的默认预测矩阵如下所示：

     age hyp chl
age   0   1   1
hyp   1   0   1
chl   1   1   0

例如，如果不需要 chl 的插补，那么我们需要将 chl 行全部设为 0，然后将以下设置为您的 predictorMatrix

    age hyp chl
age   0   1   1
hyp   1   0   1
chl   0   0   0