通过 R 中的 system2() 对终端提示响应是

Question

tl;dr：如何从 R 控制台调用系统命令 y | conda create --name gee_interface，例如通过system2（）？我对system2('conda', c('create', '--name', 'gee_interface')) 很满意，但我不知道如何通过system2() 处理'y' 中的管道。

详情 我正在尝试使用 R 控制台运行 bash 命令conda create --name gee_interface（安装了 Anaconda 的 OSX Mojave）。

在终端中，该命令执行得很好，但提示我回答 Proceed ([y]/n)?（我回答“y”，一切正常）。

在 R 中，我运行

Sys.setenv(PATH = paste(c("/Applications/anaconda3/bin", Sys.getenv("PATH")), collapse = .Platform$path.sep)) # ensures that system2() finds conda

system2('conda', c('create', '--name', 'gee_interface')) # This is the key line for the purposes of this question

当运行第二行时 [i.e. system2('conda', c('create', '--name', 'gee_interface'))]，该过程永远不会完成，但会迅速降至零 CPU 使用率。大概系统正在等待我对提示的响应，但我不知道如何提供它。如何通过 R 脚本做到这一点？另请注意，在我的特定情况下，我需要响应“y”的次数是可变的，具体取决于名称为 gee_interface 的环境是否已经存在。

Answer 1

解决第一个问题的方法是告诉conda 不要使用-y 要求确认：

system2('conda', c('create', '--name', 'gee_interface', '-y'))

至于第二部分（需要您输入的可变时间），我猜它是覆盖环境（如果存在）？在这种情况下，您可以先使用conda info --envs 检查它是否存在，如有必要，在创建它之前运行conda remove --name gee_interface --all。

见：

https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/create.html

https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html#removing-an-environment

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您也可以尝试使用input = "y" 参数调用system2，但这并不能解决您需要多次确认的第二个问题。

见：Invoke a system command and pipe a variable as an argument