为什么 Hadoop SequenceFile 写入比读取慢得多？

Question

我正在使用 Java API 将我拥有的一些自定义文件转换为 hadoop 序列文件。

我正在从本地文件中读取字节数组，并将它们作为索引（整数）-数据（字节[]）对附加到序列文件中：

InputStream in = new BufferedInputStream(new FileInputStream(localSource));
FileSystem fs = FileSystem.get(URI.create(hDFSDestinationDirectory),conf);
Path sequenceFilePath = new Path(hDFSDestinationDirectory + "/"+ "data.seq");

IntWritable key = new IntWritable();
BytesWritable value = new BytesWritable();
SequenceFile.Writer writer = SequenceFile.createWriter(fs, conf,
            sequenceFilePath, key.getClass(), value.getClass());

     for (int i = 1; i <= nz; i++) {
     byte[] imageData = new byte[nx * ny * 2];
     in.read(imageData);

     key.set(i);
     value.set(imageData, 0, imageData.length);
     writer.append(key, value);
     }
IOUtils.closeStream(writer);
in.close();

当我想将文件恢复到初始格式时，我会做完全相反的事情：

    for (int i = 1; i <= nz; i++) {
        reader.next(key, value);
        int byteLength = value.getLength();
        byte[] tempValue = value.getBytes();
        out.write(tempValue, 0, byteLength);
        out.flush();
    }

我注意到写入 SequenceFile 几乎比读取要多一个数量级。 我预计写入比读取要慢，但这种差异正常吗？为什么？

更多信息： 我读取的字节数组大小为 2MB（nx=ny=1024 和 nz=128）
我正在伪分布式模式下进行测试。

Answer 1

您正在从本地磁盘读取并写入 HDFS。当您写入 HDFS 时，您的数据可能正在被复制，因此根据您为复制因子设置的内容，它会被物理写入两到三次。

因此，您不仅在写入，而且写入的数据量是您正在读取的数据量的两到三倍。你的写作正在网络上传播。你的读数不是。

Answer 2

nx 和 ny 是常量吗？

您可能会看到这种情况的一个原因是您的 for 循环的每次迭代都会创建一个新的字节数组。这需要 JVM 为您分配一些堆空间。如果数组足够大，这将是昂贵的，最终你会遇到 GC。不过，我不太确定 HotSpot 可能会做些什么来优化它。

我的建议是创建一个 BytesWritable：

// use DataInputStream so you can call readFully()
DataInputStream in = new DataInputStream(new FileInputStream(localSource));
FileSystem fs = FileSystem.get(URI.create(hDFSDestinationDirectory),conf);
Path sequenceFilePath = new Path(hDFSDestinationDirectory + "/"+ "data.seq");

IntWritable key = new IntWritable();
// create a BytesWritable, which can hold the maximum possible number of bytes
BytesWritable value = new BytesWritable(new byte[maxPossibleSize]);
// grab a reference to the value's underlying byte array
byte byteBuf[] = value.getBytes();
SequenceFile.Writer writer = SequenceFile.createWriter(fs, conf,
        sequenceFilePath, key.getClass(), value.getClass());

for (int i = 1; i <= nz; i++) {
  // work out how many bytes to read - if this is a constant, move outside the for loop
  int imageDataSize nx * ny * 2;
  // read in bytes to the byte array
  in.readFully(byteBuf, 0, imageDataSize);

   key.set(i);
   // set the actual number of bytes used in the BytesWritable object
   value.setSize(imageDataSize);
   writer.append(key, value);
}

IOUtils.closeStream(writer);
in.close();