通过元组字典解析

Question

通过使用迭代和推导，我创建了一个 python 字典，用于存储与值关联的键（与某些特性相关的统计信息）。键是指一个唯一的 ID（在我的例子中是一个基因）。我已经通过一个元组列表填充了值，每个元组表示一个特征的 startpoint 和 length（在这种情况下，一个 ORF 或其他词潜在的蛋白质编码序列）的基因ID。任何给定的基因都可以具有许多这样的特征。一般形式如下：

{key1:[(startpoint1,length1)], key2[(startpoint1,length1)(startpoint2,length2)...], key3[]}

如下所示（在示例字典中），一些键可能只有一个特征（只有一对元组），而另一些键可能有多达 100 个或更多。为简单起见，我展示了带有 3 对的 seq1。也可以有没有特征的键，例如 seq3 和 4。

{'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}

当“长度”最大时，我想遍历这本字典以获得“起点”。在我的例子中，我应该得到的答案是

起点 1（在 seq1 中），因为它在所有条目中具有最大的 长度值 (12)。

我发现遍历多个元组很难。

Answer 1

您也可以使用itertools.chain.from_iterable，将dict.values()（字典中所有值的列表）传递给它。然后使用 max 和 key 参数，取回在第二个索引（1-index）处具有最大值的元组，示例 -

>>> from itertools import chain
>>> d = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}
>>> max(chain.from_iterable(d.values()),key=lambda x: x[1])
(1, 12)

itertools.chain.from_iterable ，将获得的可迭代对象作为输入，并将每个列表链接到一个列表中，示例 -

>>> l = [(1,2),(3,4)]
>>> list(chain.from_iterable(l))
[1, 2, 3, 4]

Answer 2

这段代码应该可以。

myDict = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}

maxLength = 0;
maxStartingPoint = 0;
maxSeq = ""

for sequence in myDict:

    for key,value in myDict[sequence]:
        if value > maxLength:
            maxLength = value
            maxStartingPoint = key
            maxSeq = sequence

Answer 3

这是我的方法：创建一个元组列表(length, start_point, key)，这样max函数就可以选择最大长度的元组。

def maxlen(seq):
    longest = max((length, start_point, key) for key, value in seq.iteritems() for start_point, length in value)
    return longest

# Test
seq = {'seq2': [(1,6)], 'seq1': [(1, 12), (16, 9), (32,9)], 'seq3': [], 'seq4': []}
length, start_point, key = maxlen(seq)  # 12, 1, 'seq1'