从Writing R Extensions Manual，我读到了
从 R 2.14.0 开始，Sweave 源的首选位置是 源包的子目录小插图，但为了兼容性 对于早期版本的 R，将在 如果小插图不存在，则 inst/doc。
但是，当我创建包源的vignettes 子目录时，当我运行devtools::check() 或R CMD check 时，我收到Package vignette(s) without corresponding PDF 的警告。如果我将小插图（.Rnw 和 .pdf）放在 inst/doc 中，则检查完成而没有投诉。我尝试在已安装打包的库中查看我的库，但没有看到任何名为 vignettes 的目录。我还应该使用已弃用的位置吗？
【问题讨论】：
标签： r cran package-development
您将.Rnw 源代码放入vignettes/，但您错过了关键步骤；不要检查源代码树。预期的工作流程是构建源 tarball，然后检查该 tarball。构建 tarball 将创建小插图 PDF。
R CMD build ../foo/pkg
R CMD check ./pkg-0.4.tar.gz
例如，将从../foo/pkg 中的源代码构建一个源代码包tarball，在当前目录中创建.tar.gz 包，并附加包名称和版本。然后你在那个源包上运行R CMD check。
如果您想为您构建小插图，请将其放入 vignettes/ 并构建源代码包。在未来某个日期，R Core 可能会移除从 inst/doc 构建小插图的功能，因此请立即前往建议的位置，避免直接查看源代码。
【讨论】：
我也很难解释。
我认为您应该将.Rnw 文件放入vignettes/ 并将PDF（适当压缩）放入inst/doc/，如果您仔细阅读，这在技术上与文档一致。 （也就是说，它说 sources 应该放在 vignettes/ 中。我看不出它在哪里说了这么多话，你应该把相应的 PDF 放在 inst/doc/ 中，但它没有't not 说出来，这种解释似乎让R CMD check 高兴...）
解决方案在@GavinSimpson 的回答中（即，应该构建 tarball 然后检查它，而不是检查源目录本身）。 （我的两分钱是，如果 R-core 正式弃用（并最终删除）直接源代码检查而不是混淆我们所有的基础知识，这可能是最好的......）
【讨论】：
R CMD build 操作创建的源包。
foo.Rnw 和foo.pdf 放在vignettes/ 中，pdf 将自动传输到已安装的doc 目录。无需通过inst/doc 进行人工干预。
vignettes/。