如何在 linux 的 windows 子系统上运行 burrows-wheeler aligner？答案

【问题标题】：How do I run burrows-wheeler aligner on windows subsystem for linux?如何在 linux 的 windows 子系统上运行 burrows-wheeler aligner？
【发布时间】：2021-04-24 11:27:11
【问题描述】：

这里是新手，不知道我在做什么。我已经在windows上安装了ubuntu，现在可以从windows打开bash了。

我还从 Sourceforge 下载了 burrow-wheeler 对准器：https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

从那里我尝试提取 bz2 文件。我将提取的文件夹添加到 PATH

但是当我在 bash 上输入 bwa 时，它显示 bwa: command not found

我完全是初学者，想开始学习生物信息学。我执行了上述步骤，因为这就是我设置 conda 以在 windows cmd 上工作的方式。

我做错了什么？

【问题讨论】：

命令ls -l $(realpath ThePathTobwa ) 显示什么？
如果您安装了 conda，一个不错的选择是添加 bioconda 通道 (ddocent.com//bioconda) 并使用 conda install bwa 安装它。如果您在安装/使用生物信息学软件方面需要帮助，bioinformatics.stackexchange.com 是一个更好的参与社区
@jared_mamrot 我已经为 Windows 而非 Linux 安装了 Conda。所以我不能在 bash 上使用 conda install bwa
顺便说一句，我刚刚尝试构建您指出的bwa 版本。链接失败 - 所以没有 bwa 二进制文件。如果您改为从 github (git clone git@github.com:lh3/bwa.git; cd bwa; make) 下载它，它可以工作。
@TedLyngmo 它显示 -bash：“目录”：是一个目录，总共 620 lrwxrwxrwx 1 root root 7 Feb 20 05:18 bin -> usr/bin drwxr-xr-x 1 root root 4096 Feb 20 05:26 boot drwxr-xr-x 1 root root 4096 Apr 24 16:07 dev drwxr-xr-x 1 root root 4096 Apr 24 16:07 等；还有更多这些

标签： bash windows-subsystem-for-linux burrows-wheeler-transform

【解决方案1】：

在子系统中，您的场景中几乎所有内容都与 Ubuntu 系统相同，然后您只需按照此存储库的自述文件：lh3/bwa。因为the repo in Sourceforge好像已经存档很久了，你最好用the newer alternative on Github。

【讨论】：