【发布时间】：2017-03-22 01:18:20
【问题描述】：
有K.A.Dill在1985年建立的模型[Dil85]。在该模型中，氨基酸分为两类：疏水性 (H) 和亲水性 (P)。 最好的折叠是使相邻但非共价结合的 H-H 对的数量最大化的折叠，从而允许疏水效应。 这是一个例子：
字符串HPHHHHPPHPPH的折叠如下所示。此折叠的得分为 4（见红色虚线邻接）。
H - P P - P
- - -
H H H - P
- - -
H - H H - P
我正在尝试在 C++ 中创建一个算法，以最大化分数并返回可能的最佳配置，但我的代码并不能很好地工作。所以我请求你的帮助。
这是我的代码：
#include <iostream>
#include <string>
#include <fstream>
#include <vector>
#include <math.h>
using namespace std;
string EMPTY = " ";
int solve(string protein,int bestScore,unsigned int sequenceIndex, vector <vector<string> > & currentGrid, int posX, int posY, char direction,int score,vector<char> & pDirection)
{
char allDirections[4] = {'R','D','L','U'};
if (direction=='R')
{
posY +=1;
}
else if (direction == 'D')
{
posX +=1;
}
else if (direction == 'L')
{
posY -=1;
}
else if (direction == 'U')
{
posX -=1;
}
// copy currentGrid into newGrid.
vector <vector<string> > newGrid ;
if (currentGrid[posX][posY] == EMPTY)
{
for (unsigned int i=0; i < (protein.size()*2-1)/2;i++)
{
vector<string> temp;
newGrid.insert(newGrid.begin(),temp);
for (unsigned int j=0; j < ((protein.size()*2-1)/2);j++)
{
newGrid[j].push_back(currentGrid[i][j]);
}
}
//replace the first subelement of protein.
newGrid[posX][posY] = protein[sequenceIndex];
// Add new direction to the vector pdirection.
pDirection.push_back(direction);
//str.at(i)
if (protein[sequenceIndex] == 'H')
{
if ((pDirection[0] == 'L' ) && (newGrid[posX+1][posY]=="H" || newGrid[posX-1][posY] == "H"))
{
score += 1;
}
else if ( (pDirection[0] == 'U' ) && (newGrid[posX][posY+1] == "H" || newGrid[posX][posY-1] == "H"))
{
score += 1;
}
else if ((pDirection[0] == 'R') && (newGrid[posX+1][posY] == "H" || newGrid[posX-1][posY] == "H"))
{
score += 1;
}
else if ((pDirection[0] == 'D' ) && (newGrid[posX][posY+1] =="H" || newGrid[posX][posY-1] == "H"))
{
score += 1;
}
}
sequenceIndex += 1;
}
if (sequenceIndex != protein.size())
//repeat this for all directions
{
for (int i = 0; i < 4; i++)
{
direction = allDirections[i];
bestScore = solve(protein, bestScore,sequenceIndex,newGrid,posX,posY,direction,score,pDirection);
}
}
else
{
if (score > bestScore)
{
bestScore = score;
}
else if (score == bestScore)
{
bestScore = score;
}
}
return bestScore;
}
int main()
{
unsigned int sequenceIndex = 0;
int score = 0;
int bestScore = 0;
vector<char> pDirection;
string protein = "HPPHPPH";
vector <vector<string> > currentGrid; //a*[a*[' ']] avec a=len(protein)*2-1
int posX = protein.size();
int posY = protein.size();
//int posX = ceil((protein.size()*2-1)/2));
//int posY = ceil((protein.size()*2-1)/2));
// create an empty 2D vector
for (unsigned int i=0; i < (protein.size()*2-1)/2;i++)
{
vector<string> temp;
currentGrid.insert(currentGrid.begin(),temp);
for (unsigned int j=0; j < ((protein.size()*2-1)/2);j++)
{
currentGrid[j].push_back(EMPTY);
}
}
// place the first element of protein in the middle of currentGrid
currentGrid[posX][posY] = protein.substr(0);
cout<<protein<<endl;
cout<<protein.size()<<endl;
cout<<solve(protein,bestScore,sequenceIndex, currentGrid,posX,posY,'R',score,pDirection)<<endl;
}
【问题讨论】：
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“效果不太好”。这并不能清楚地解释您需要帮助解决什么问题。请说明您想要回答的具体问题、错误行为或问题。另外，请注意 C 和 C++ 是不同的语言 - 仅使用相关标签。
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嗨 kaylum，我需要的是样本方法来计算使蛋白质的相邻但未共价结合的 H-H 对的数量最大化的分数，从而允许疏水效应，因为我' m 使用回溯验证所有可能的配置并返回此配置的最佳分数。
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有一些例子蛋白质序列：HPPH 序列长度：4 最佳得分：1 可能的配置：[ H H | | P - P ] 蛋白质序列：HHPPHH 序列长度：6 最佳得分：2 可能的配置：[ P - H - H | P - H - H ] 蛋白质序列：HHHHHHH 序列长度：7 最佳得分：2 可能的配置：[ H - H | H - H | H - H | H]