编译和安装cantera python模块的麻烦

Question

我正在尝试将 Cantera 安装为 Ubuntu linux 中的 python 模块。作为参考，我使用了这些说明：Installing Cantera。运行./preconfig 和make 后，出现以下错误：

fatal error: numarray/arrayobject.h: No such file or directory

根据预配置文件，

# If numpy was installed using the --home option, set this to the
# home directory for numpy. This will be needed for all numpy installations
# that don't put the include files into python's native include directory.
#NUMPY_HOME=${NUMPY_HOME:="$HOME/python_packages"}

我正在使用Enthought Python Distribution 的学生版，所以我想也许我需要将最后一行更改为：

NUMPY_HOME=${NUMPY_HOME:="/usr/local/EPD/lib/python2.7/site-packages/"}

但这不起作用。我仍然得到同样的错误。想法？我已经安装了 python-dev 来修复早期的错误，所以不是这样。

Answer 1

您的 Ubuntu 机器上可能有多个 Python 发行版。在 为了使用EPD 安装Cantera 你应该明确告诉它 使用哪个发行版：

PYTHON_CMD=${PYTHON_CMD:="/usr/local/EPD/bin/python"}

每个发行版都有自己的site-packages 目录，所以通过 指定 PYTHON_CMD 还可以指定要使用的 site-packages。 当安装Numpy 时，它也会安装到Numarray 的接口到 site-packages/numpy/core/include/numpy，所以没必要 下载Numarray。此外，numpy 安装到 site-packages EPD 的目录，所以 NUMPY_HOME （仅在 numpy 时使用 未安装在默认目录中）应保持不变。希望 这有帮助。

Answer 2

我找到了解决办法。通过关注我之前关注的these instructions，我得到了它的工作。不同的是，上次我下载的是 tar.gz 文件，而这次我使用的是 subversion 存储库，我猜可能会更新。无论如何，它起作用了，我也不需要更改默认的 python 命令。

编辑：我确实需要将其从默认更改为：

PYTHON_CMD=${PYTHON_CMD:="/usr/local/EPD/bin/python"}

我想最好也发布说明，以便其他用户可以在此处使用：

第一步是安装所有依赖项。这由 apt-get 处理： sudo apt-get install subversion g++ gfortran python2.6-dev python-numpy libsundials* graphviz
下一步是获取cantera 的源代码。这可以通过从 cantera 站点下载 cantera-1.8.0-beta-tar.gz 我们从 svn 检查最新版本来完成 svn checkout http://cantera.googlecode.com/svn/cantera18/trunk/ cantera
切换到 cantera 目录（svn checkout 或 untarred/gunzipped cantera-1.8.0）
编辑名为 preconfig 的文件，并确保通过注释/编辑包含以下行
PYTHON_PACKAGE=${PYTHON_PACKAGE:="full"}
USE_NUMPY=${USE_NUMPY:="y"}
SUNDIALS_VERSION=${SUNDIALS_VERSION:='2.3'}

Then in a terminal run the following commands:
./preconfig
make
sudo make install
source ~/setup_cantera
If every thing went well you should be able to import the Cantera module in python:
python
>>>from Cantera import *

Answer 3

我们从来没有通过在 pre_config 中设置包含变量来让它工作。相反，我们这样做：

...
USE_NUMPY=${USE_NUMPY:="y"}

if [ "$USE_NUMPY" = "y" ]; then
    export NUMPY_INC_DIR=`python -c 'import numpy; print numpy.get_include()'`
fi

自从我们开始包含它以来，没有任何问题。