在公共工作者中调用“mypackage”函数

Question

我知道我遇到的问题是线程安全问题。因为我现在拥有的代码将使用“seThreadOptions(1)”执行。我的问题是什么是克服这个问题的好习惯。

我知道这一点：Threadsafe function pointer with Rcpp and RcppParallel via std::shared_ptr 会以某种方式发挥作用。而且我也一直在思考/尝试将内部功能作为并行工作者结构的一部分。实际上，我正在调用两个内部函数，我希望一个是可变的，另一个是恒定的，这让我倾向于认为我需要两个解决方案。

错误是 rstudio 中的 R 会话崩溃。 这里有两点需要注意： 1. 如果我 'setThreadOptions(1)' 这运行良好。 2. 如果我将 'myfunc' 移动到主 cpp 文件中并简单地调用 'myfunc' 这也可以正常运行。

这是一个详细的例子：

第一个 cpp 文件：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::interfaces(cpp)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
#include "RcppArmadillo.h"
using namespace arma;
using namespace std;

// [[Rcpp::export]]
double myfunc(arma::vec vec_in){

  int Len = arma::size(vec_in)[0];
  return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
}

二、cpp文件：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
// [[Rcpp::depends(ParallelExample)]]

#include "RcppArmadillo.h"
#include "RcppParallel.h"
#include "ParallelExample.h"
#include <random>
#include <memory>
#include <math.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;
using namespace RcppParallel;
using namespace std;

struct PARALLEL_WORKER : public Worker{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    // Create a loop that runs through a selected section of the total Boot_reps
    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ParallelExample::myfunc(index);
  }
}

};

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  PARALLEL_WORKER  parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}

Makevars，因为我使用的是 Macintosh：

CXX_STD = CXX11

PKG_CXXFLAGS +=  -I../inst/include

和命名空间：

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(Rcpp, evalCpp)
importFrom(RcppParallel,RcppParallelLibs)
useDynLib(ParallelExample, .registration = TRUE)

export(Parallelfunc)

Answer 1

当您调用ParallelExample::myfunc 时，您正在调用inst/include/ParallelExample_RcppExport.h 中定义的函数，该函数使用R API。这是一个不能在并行上下文中做的事情。我看到了两种可能性：

1. 将myfunc 转换为仅标题并将其包含在int/include/ParallelExample.h 中。
2. 如果第二个 cpp 文件在同一个包中，请将 myfunc 的适当声明放入 src/first.h，将该文件包含在 src/first.cpp 和 src/second.cpp 中，并调用 myfunc 而不是 ParallelExample::myfunc .毕竟，如果您只想在同一个包中调用它，则无需向 R 注册函数。使用 R 注册是针对从外部调用的函数。

Answer 2

在某些方面，这有点违背了 Rcpp 的内置接口 cpp 功能的目的。

首先，cpp保存为'ExampleInternal.h'：

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
#include "RcppArmadillo.h"
using namespace arma;
using namespace std;

namespace ExampleInternal
{

  double myfunc3(arma::vec vec_in){

    int Len = arma::size(vec_in)[0];
    return (vec_in[0] +vec_in[1])/Len;
  }


}

第二个：

#include "ParallelExample.h"
#include "ExampleInternal.h"
#include <random>
#include <memory>
#include <math.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;
using namespace RcppParallel;
using namespace ExampleInternal;
using namespace std;

struct PARALLEL_WORKER : public Worker{

  const arma::vec &input;
  arma::vec &output;

  PARALLEL_WORKER(const arma::vec &input, arma::vec &output) : input(input), output(output) {}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end){


    std::mt19937 engine(1);

    // Create a loop that runs through a selected section of the total Boot_reps
    for( int k = begin; k < end; k ++){
      engine.seed(k);
      arma::vec index = input;
      std::shuffle( index.begin(), index.end(), engine);

      output[k] = ExampleInternal::myfunc3(index);
  }
}

};

// [[Rcpp::export]]
arma::vec Parallelfunc(int Len_in){

  arma::vec input = arma::regspace(0, 500);
  arma::vec output(Len_in);

  PARALLEL_WORKER  parallel_woker(input, output);
  parallelFor( 0, Len_in, parallel_woker);
  return output;
}