使用 gcc 而不是 icpc 编译时未定义的引用运行时错误 __intel_ssse3_rep_memcpy、_mm_free、_mm_malloc 链接器错误答案

【问题标题】：undefined reference runtime errors __intel_ssse3_rep_memcpy, _mm_free,_mm_malloc linker errors when compiling with gcc instead of icpc使用 gcc 而不是 icpc 编译时未定义的引用运行时错误 __intel_ssse3_rep_memcpy、_mm_free、_mm_malloc 链接器错误
【发布时间】：2017-04-28 16:51:28
【问题描述】：

我正在尝试使用 gcc(5.3) 编译大型代码，该代码之前使用 icpc 编译过。（我已加载 mkl 库）编译成功但出现以下警告：

 warning: narrowing conversion of 'p_jShell->simint_shell::nprim' from 'int' to
'unsigned int' inside { } [-Wnarrowing]
  { p_iShell->nprim, p_jShell->nprim };

但我收到运行时错误“未定义的引用”到 __intel_ssse3_rep_memcpy、_mm_free、_mm_malloc、__svml_pow4、_intel_fast_memset 等。

In function `simgms_oei(std::vector<std::vector<simint_shell, std::allocator<simint_shell> >, std::allocator<std::vector<simint_shell, std::allocator<simint_shell> > > >&, std::vector<double, std::allocator<double> >&, std::vector<double, std::allocator<double> >&, std::vector<std::vector<unsigned int, std::allocator<unsigned int> >, std::allocator<std::vector<unsigned int, std::allocator<unsigned int> > > >&, unsigned int, AtomData&)':

/home/..../simgms_oei.cpp:126: undefined reference to `oed__memory_ovl_batch_'
..
..

In function `simint_copy_shell':
shell.c:(.text+0x126): undefined reference to `__intel_ssse3_rep_memcpy'
.
shell.c:(.text+0x32fe): undefined reference to `_mm_free'
shell.c:(.text+0x335c): undefined reference to `_mm_malloc'
.
ostei_p_s_f_p.c:(.text+0x27f): undefined reference to `_intel_fast_memset'
.
..
..

我怀疑这可能是由于链接问题。我链接了 gcc lib 目录，但我不确定我需要在这里拥有哪些库。有什么建议么？有人看到我在这里做错了吗？谢谢！

gcc  -mavx -g -O -O1 -std=c++11 -L/opt/shared/sw/x86_64-unknown-linux-gnu/gcc/5.3.0-rhel6/lib64 -libstdc -libsupc++ -libtsan -libubsan -libvtv -libquadmath -libgcc_s -libgcj  -L/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mkl/lib/intel64 -libmkl_mc -libmkl_sequential -libmkl_gf_ilp64 -libmkl_avx -libmkl_lapack95_lp64 -libmkl_intel_lp64 -libmkl_core -lmkl_gnu_thread -I/opt/intel/composer_xe_2013.5.192/mkl/include  -I/opt/shared/sw/x86_64-unknown-linux-gnu/gcc/5.3.0-rhel6/include -I/***/simint/include  -DDEBUG -DMKL_ILP64 -MMD -MP -MF"simgms_init.d" -MT"simgms_init.d" -c -o "simgms_init.o" "../simgms_init.cpp"

【问题讨论】：

我的猜测是，您正在链接目标文件和/或已编译 icpc 的库，因此需要链接到该编译器的运行时库。
我用 gcc 编译了所有东西，但是我发现有些头文件是从 intel 编译器中使用的。即使它们具有相同的名称，例如：来自 intel 的 immintrin.h 与 gcc 中的 immintrin.h 不同，但我已经修复了这些错误。
在 gcc 的内在头文件中（在本例中为 mm_malloc.h，但它也包含在其他文件中），_mm_malloc 是一个内联函数。如果你得到这样一个未定义的符号，要么你没有使用 gcc，要么你使用了 gcc 和其他一些编译器的头文件，或者你忽略了关于 _mm_malloc 缺少原型（也就是缺少#include）的错误。
另外，您显示的命令行毫无意义，带有-c 和-l... 标志。并且在链接时，当 A 依赖于 B 时，您应该在 B 之前写 A，因此特别是您的 .cpp 文件应该位于所有 -l... 标志之前。
我应该把这个作为评论。你试过这个吗？ software.intel.com/en-us/articles/intel-mkl-link-line-advisor

标签： gcc linker sse simd intrinsics

【解决方案1】：

我尝试找到所有 cpp 文件（simgms_oei.cpp 等）的库都被编译到并尝试了下面的 nm 命令：

>> nm libsimint.a |grep __intel_ssse3_rep_memcpy
U __intel_ssse3_rep_memcpy

>> nm libsimint.a |grep simint_copy_shell
0000000000000090 T simint_copy_shell

当您查找 U 和 T 时，它的含义如下：代码中提到了 simint_copy_shell 函数，但 __intel_ssse3_rep_memcpy 未在我们编译 libsimint 的其他库中定义

结论是这个库是用icpc编译的，在上面的步骤中链接之前，我不得不用gcc单独重新编译它。

将 Wl, 命令添加到链接描述文件中，如下所示：

--Wl,--start-group -L/opt/share... -lsomelib -lsomeotherlib -L/xxx/...-lsomelib  -Wl,--end-group

摆脱了由于链接顺序引起的其他错误。

【讨论】：