在 linux 中重定向 vcftools 文件 - 提示

【问题标题】：Redirecting vcftools file in linux - tips在 linux 中重定向 vcftools 文件 - 提示
【发布时间】：2014-10-01 21:00:27
【问题描述】：

以下代码使用tabix 从特定区域获取 VCF 文件，然后使用 vcftools 中的“保留”选项过滤特定（欧洲）人群。

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf    
fi

问题：它会创建 recode.vcf 文件，但由于 temp2 文件为空，因此不会发生重定向

【问题讨论】：

标签： linux bioinformatics genetics vcf-variant-call-format vcftools

【解决方案1】：

我会避免使用 vcftools 并改用 bcftools (https://github.com/samtools/bcftools)：

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

安装 bcftools：

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/

【讨论】：