使用 R 检索 GWAS 信息答案

【问题标题】：Retrieving GWAS information with R使用 R 检索 GWAS 信息
【发布时间】：2011-10-11 09:24:48
【问题描述】：

我正在尝试从GWAS catalog 获取特定的疾病相关信息。这可以通过电子表格下载直接从网站上完成。但我想知道是否可以在 R 中以编程方式完成。任何建议将不胜感激。

谢谢。

Avoks

【问题讨论】：

标签： r genetics

【解决方案1】：

检查函数 download.file() 和包 rcurl (http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html) - 这应该可以满足您的需求

【讨论】：

【解决方案2】：

您必须先下载 .tsv 文件并手动编辑它们。这是因为 GWAS 目录文件包含 HTML 符号，如“白塞病”中的 §（定义特殊的第四个字母）。这些符号中的 # 将被 R 解释为行尾，因此您将收到错误消息，例如：

第 2028 行没有 34 个元素

所以你先下载它，在纯文本编辑器中打开，自动将每个 # 替换为空字符，然后才将其加载到 R 中：

read.table("gwas_catalog_v1.0-associations_e91_r2018-02-21.tsv",sep="\t",h=T,stringsAsFactors = F,quote="")

【讨论】：