重命名 phylo 提示标签

Question

我想在我的 phylo 类树中给一个物种一个新名称（使用 ape 包）。

我试过了：

tree$tip.label["speciesX"] <- "speciesY"

这并没有达到我想要的效果。有什么建议么？

Answer 1

问题是你不能以你想要的方式索引提示标签（你想替换 value 为“speciesX”的提示标签，而不是 name 是“speciesX”；尖端标签向量没有名称）。听起来很傻，您需要像 tree$tip.label[tree$tip.label=="speciesX"] 这样的东西来确定要替换的正确值。

例子：

## create a tree, from ?read.tree
s <- "owls(((Strix_aluco:4.2,Asio_otus:4.2):3.1,Athene_noctua:7.3):6.3,Tyto_alba:13.5);"
cat(s, file = "ex.tre", sep = "\n")
tree.owls <- read.tree("ex.tre")

重命名：

tree.owls$tip.label[tree.owls$tip.label=="Asio_otus"] <- "something_else"

您可以编写一个函数来执行此操作，例如（未测试！）

rename.tips <- function(phy, old_names, new_names) {
   mpos <- match(old_names,phy$tip.labels)
   phy$tip.labels[mpos] <- new_names
   return(phy)
}