在 for-loop 中将多个图像插入 Sweave Document答案

【问题标题】：Insert multiple images in for-loop into Sweave Document在 for-loop 中将多个图像插入 Sweave Document
【发布时间】：2015-06-08 16:38:57
【问题描述】：

我有五个图像存储如下（其中“currentDirectory”是我从命令 getwd() 得到的结果）：

currentDirectory/results/thePlot_1.jpg
currentDirectory/results/thePlot_2.jpg
currentDirectory/results/thePlot_3.jpg
currentDirectory/results/thePlot_4.jpg
currentDirectory/results/thePlot_5.jpg

我正在尝试在 Rstudio 中编写一个 .Rnw 脚本，该脚本将创建一个 .tex 文件，然后我可以在该文件上运行 pdflatex 以获得一个包含这五个图像的 .pdf 文件。以下是我尝试过的：

\documentclass{article}
\usepackage{float, hyperref}
\usepackage[margin=1in]{geometry}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{caption}
\usepackage{algorithm}
\usepackage{algorithmic}

\begin{document}
\SweaveOpts{concordance=TRUE}

\author{myName}
\title{myTitle}

\maketitle

<<options, echo=FALSE>>=
library(knitr)
  opts_chunk$set(cache=TRUE)
@

\section*{mySection}

\FOR{i in 1:5}
nPlots=i
plotName = "thePlot"
outDir = "results"
\includegraphics{paste(getwd(), "/", outDir , "/", plotName, "_", i, sep="")}
\ENDFOR

\end{document}

我收到了几个错误：

第 25 行：未定义的控制序列。第 29 行：缺少插入的 $。第 29 行：LaTeX 错误：找不到文件 `paste(getwd(), "/", outDir , "/", plotName, "_", i, sep="")'。第 29 行：缺少插入的 $。第 30 行：未定义的控制序列。

非常感谢任何帮助！

编辑 1：我考虑了 Alex A. 的建议，并将该部分更改为包含 \Sexpr{} 表达式，如下所示：

\FOR{i in 1:5}
\Sexpr{nPlots=i}
\Sexpr{plotName = "thePlot"}
\Sexpr{outDir = "results"}
\includegraphics{\Sexpr{paste(getwd(), "/", outDir , "/", plotName, "_", i, sep="")}}
\ENDFOR

\end{document}

但是，我现在收到一个错误：

object 'i' not found

我尝试将 for 循环中的条件更改为也包括 \Sexpr{}，如下所示：

\FOR{\Sexpr{i in 1:5}}

但这给我带来了错误：

Unexpected 'in'

感谢任何帮助！

编辑 2：

我尝试考虑将 for 循环和图像插入简单地放入 Rcode 的建议。于是，我尝试使用jpeg库及其readJPEG方法，如下图：

<<echo=FALSE>>==
library(jpeg)
@

<<plots, echo = FALSE, fig = TRUE, figs.only = TRUE, results = hide>>=
for (i in 1:5){
  nPlots=i
  plotName = "thePlot"
  outDir = "results"

  img <- readJPEG(paste(getwd(), "/", outDir , "/", plotName, "_", i, ".jpg", sep=""))
  plot(img)
}
@

\end{document}

不幸的是，这仍然会导致错误：

unexpected 'in'

另外，当我单独运行以下代码时（不在 for-loop 或 .Rnw 文件中）：

  nPlots=1
  plotName = "thePlot"
  outDir = "results"

  img <- readJPEG(paste(getwd(), "/", outDir , "/", plotName, "_", i, ".jpg", sep=""))
  plot(img)

生成的图像看起来与我拥有的 .jpeg 图像不同（位于 currentDirectory/results/thePlot_1.jpg）

【问题讨论】：

尝试将paste(...) 包裹在\Sexpr{} 中。
@AlexA.：感谢您的帮助。它似乎确实解决了这个问题，尽管 for 循环似乎仍然不能像我希望的那样工作。您对出现的这个新错误有什么建议吗？
我不认为使用\For 和\EndFor 包含多个绘图是最好的方法。（我实际上不认为你可以那样做。）我可能会做一个 R 块，如 <<plots, echo = FALSE, fig = TRUE, figs.only = TRUE, results = hide>>（R 代码显示图）@。这将自动嵌入它们。
@AlexA。再次感谢。我现在正在按照您建议的方法进行尝试，但是遇到了一些奇怪的情况。我是否错过了将图像读入 R 代码的更简单的方法？谢谢。
嗯。这很奇怪......不幸的是，这不是我的专业领域，所以希望其他人很快会加入进来启发我们。

标签： r image for-loop sweave rnw

【解决方案1】：

来自the Sweave Manual：

A.7 从一个图形块创建多个图形不起作用

要么手动保存绘图并使用 LaTeX 包含（按照 Sweave 手册的建议）插入它们，要么切换到 knitr。我会推荐后者。

【讨论】：

感谢您的建议。这似乎很明显，但我不明白切换到 Knitr。当我将我编写的代码与 Knitr 的最小示例进行比较时，它们看起来几乎相同 (github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/…)。我真的很难理解如何以尽可能轻松的方式开始解决此问题。
@LanneR 在许多情况下，为 Sweave 编写的 .Rnw 可以很好地用于 knitr，但有时您需要进行一些更改。本文档概述了如何转换：yihui.name/knitr/demo/sweave。唯一的区别是 Sweave 并没有真正处于积极开发中并且有限制（就像您遇到的那样），而 knitr 正在积极开发中（并且没有您遇到的限制）。
谢谢。我使用了这个命令 Sweave2knitr，正如 Yihui 的博客上所发布的那样。唯一的变化是 \SweaveOpts{concordance=TRUE} 之后的部分（见第三次编辑）。我仍然收到 \FOR 语句作为“未定义的控制序列”的错误。再次感谢您的建议。
@LanneR 我建议您将这些问题作为新问题发布并恢复您在此处所做的编辑。我的回答解决了您最初的问题，并且您提出了一个新问题，因此标准程序是打开一个新线程。
好吧，我就是这么做的。

【解决方案2】：

对于任何可能尝试使用 Latex 和 knitr 图像循环的人，我这样做是为了绘图，例如。像这样：

<<echo=F, cache=T,cache.rebuild=T, results='asis' >>=

pictures <- c(pathtoimage1, pathtoimage2, pathtoimage3)   

plots <- ""
for(pic in pictures){
plots <- c(plots,paste("\\includegraphics[width=0.5\\linewidth]{",pic,"}",sep=""))
}
cat(plots)

@

我相信results='asis' 可以解决问题。但我不是专家。这很容易在循环中为我创建数百个图块。

干杯

【讨论】：

【解决方案3】：

秘诀是在 cat 函数中使用 paste。示例：

<<echo=F, cache=T,cache.rebuild=T, results='asis'>>=

for(i in c(1:100) {

    cat(paste("ok\\\\\\")

}

@

【讨论】：