Cython 尝试编译两次，但失败了答案

【问题标题】：Cython attemps to compile twice, and failsCython 尝试编译两次，但失败了
【发布时间】：2018-05-21 11:36:50
【问题描述】：

我有一个setup.py 文件，与此处显示的文件非常相似：https://stackoverflow.com/a/49866324/4080129。它看起来像这样：

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

sources = ["hs/subfolder/detect.pyx",
           "hs/subfolder/Donline.cpp",
           "hs/subfolder/Handler.cpp",
           "hs/subfolder/Process.cpp",
           "hs/subfolder/Filter.cpp",
           "hs/subfolder/Localize.cpp"]

exts = [Extension(name='hs.detect',
                  sources=sources,
                  extra_compile_args=['-std=c++11', '-O3'],
                  include_dirs=[numpy.get_include()])]

setup(
    ext_modules=cythonize(exts),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)

有一个包含一些纯 Python 的包，以及一个包含 Cython 文件的子模块。 setup.py 位于父文件夹中，而不是 Cython 文件夹中：

setup.py
hs/
    some_python.py
    subfolder/
        detect.pyx
        Donline.cpp
        ...etc

现在，setup.py 正确编译所有文件 module/submodule/file1.cpp 等并将构建保存到 build/temp.linux-x86_64-3.6/module/submodule/file1.o 。然而，就在这之后，它尝试编译一个名为file1.cpp的文件，该文件不存在（正确的是module/submodule/file1.cpp，并且已经编译好了）。

gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ihs/subfolder -I/[...]/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/[...]/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/[...]/include -I/disk/scratch/miniconda/envs/my_default/include/python3.6m -c Donline.cpp -o build/temp.linux-x86_64-3.6/Donline.o -std=c++11 -O3
gcc: error: Donline.cpp: No such file or directory
gcc: fatal error: no input files
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 4

我很困惑，这完全阻止了我的代码编译...

【问题讨论】：

请分享安装脚本，如果您提供磁盘上的项目结构（什么目录中的文件，无内容），也会有所帮助。
完成。谢谢！
安装脚本在我看来不错，也无法重现该问题。也许做一个干净的重建？ python setup.py clean build 或删除 build/ 目录。错误还在吗？
是的，我已经试过了。
我也刚刚尝试not使用virtualenv，它是一样的。这真的很奇怪。会不会是 C 文件互相调用？还是 init 文件有问题？我想不出一个理由...

标签： python compilation cython setup.py

【解决方案1】：

原来.pyx 文件包含一行

# distutils: sources = Donline.cpp Handler.cpp Process.cpp Filter.cpp Localize.cpp

告诉 distutils 编译什么。我不知道它，因为它看起来很像注释掉的行，所以我没有意识到它在那里。

Cython 尝试编译也这些，而不是包含在 setup.pyfile 中的那些，即两个源列表中的任何一个都不会覆盖另一个。显然，尽管这些源被列在子文件夹中的 pyx 文件中，但它们预计位于相对于 setup.py 文件所在的文件的路径中，或者可能相对于我从中调用 python 的文件夹。

无论如何，删除该行解决了问题。

【讨论】：