在 R 中排除空白和 NA [重复]

Question

可能重复：
R - remove rows with NAs in data.frame

我有一个名为 sub.new 的数据框，其中包含多个列。我正在尝试排除任何包含NA 或blank space“”的单元格。
我尝试使用subset()，但它针对特定列有条件。无论如何要扫描整个数据框并创建一个没有单元格是NA 或blank space 的子集？

在下面的例子中，应该只保留第一行：

# ID               SNP             ILMN_Strand   Customer_Strand
ID1234              [A/G]          TOP           BOT
Non-Specific        NSB (Bgnd)     Green
Non-Polymorphic     NP (A)         Red
Non-Polymorphic     NP (T)         Purple
Non-Polymorphic     NP (C)         Green
Non-Polymorphic     NP (G)         Blue
Restoration         Restore        Green

有什么建议吗？谢谢

Answer 1

在进行任何进一步分析之前，最好将所有“”（空白单元格）设置为 NA。

如果您从文件中读取输入，最好将所有 "" 转换为 NA：

foo <- read.table(file="Your_file.txt", na.strings=c("", "NA"), sep="\t") # if your file is tab delimited

如果您已经加载了表格，您可以执行以下操作：

foo[foo==""] <- NA

然后只保留没有 NA 的行，你可以使用 na.omit():

foo <- na.omit(foo)

或者保留没有 NA 的列：

foo <- foo[, colSums(is.na(foo)) == 0] 

Answer 2

不知道你到底有什么样的数据集，所以我提供一般性的答案。

x <- c(1,2,NA,3,4,5)
y <- c(1,2,3,NA,6,8)
my.data <- data.frame(x, y)
> my.data
   x  y
1  1  1
2  2  2
3 NA  3
4  3 NA
5  4  6
6  5  8
# Exclude rows with NA values
my.data[complete.cases(my.data),]
  x y
1 1 1
2 2 2
5 4 6
6 5 8