在 OSX 上使用 openMP 支持编译 cython

Question

我正在使用 OSX v10.11.6 并安装了最新版本的 xcode。所以我的默认编译器是gcc，实际上是clang。我已经使用 homebrew 安装 gcc5 以便我可以使用 openMP，并且通过在我的 Makefiles 中为我的 C 源代码设置 CC := g++-5，我可以成功编译 C 源代码，并使用非平凡的 -fopenmp。

我想做的是让 Cython 使用 gcc5 进行编译，这样我就可以使用 Cython 的原生 prange 功能，如最小示例 here 中所示。我在this gist 中写了一个最小的例子，从 Neal Hughes 页面借来的。当我尝试使用 setup.py 编译 omp_testing.pyx 时，我收到一个（可能不相关的）警告和致命错误：

cc1plus: warning: command line option '-Wstrict-prototypes' is valid for C/ObjC but not for C++
omp_testing.cpp:1:2: error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
 #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
  ^
error: command 'g++-5' failed with exit status 1

阅读How to tell distutils to use gcc? 后，我尝试在setup.py 中设置CC 环境变量，但这不起作用。我应该如何修改我的 Cython setup.py 文件以使用 g++-5 进行编译？

Answer 1

显然，Apple 前一段时间放弃了对 OpenMP 的支持，因此，您无法使用标准 gcc 编译包含此依赖项的代码。解决这个问题的一个好方法是安装 LLVM 并使用它进行编译。这是对我有用的顺序：

安装 LLVM：

brew install llvm

在 setup.py 中包含 OpenMP 标志（-fopenmp -lomp）：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize, build_ext


exts = [Extension(name='name_of_your_module',
                  sources=['your_module.pyx'],
                  extra_compile_args=['-fopenmp'],
                  extra_link_args=['-lomp']
                  )]

import numpy as np

setup(name = 'name_of_your_module',
      ext_modules=cythonize(exts,
      include_dirs=[np.get_include()],
      cmdclass={'build_ext': build_ext})

然后用LLVM编译代码：

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++ python setup.py build_ext --inplace

这应该会产生一个并行化的 .so