使用备用 GCC 构建 R 包答案

【问题标题】：Building R Packages using Alternate GCC使用备用 GCC 构建 R 包
【发布时间】：2009-10-24 04:44:15
【问题描述】：

我使用的系统在 /usr/local/bin/gcc 中有 GCC 4.5（实验性），这已被证明对于某些 R 软件包有问题。我想在 /usr/bin/gcc 中使用系统 GCC。

我曾尝试在 Bash 配置文件（.bashrc、.bash_profile 等）以及命令行中设置 CC 和 CXX，但尽管 Bash 能够识别更改，但 R 不能。

如何让 R 使用 /usr/bin 中的 GCC 版本而不是 /usr/local/bin/ 中的版本？

【问题讨论】：

标签： bash gcc r

【解决方案1】：

这并没有很好的记录（例如，我现在无法在“R Extension”或“R Admin”中找到它）但 Brian Ripley 在列表中多次提到它。

基本上，在 R 编译时，设置会被注册并存储在 $R_HOME/etc/Makeconf 中。一种可能性是直接编辑该文件，但您可能没有 root 权限或可能不想影响所有其他用户。所以更好的可能是创造

~/.R/Makevars

有条目

CC=gcc-4.4
CXX=g++-4.4

加上您想要设置的任何优化标志等。这将影响您运行的 R CMD INSTALL 或 R CMD check 或 ... 的所有后续使用。

$R_HOME/etc/ 中的其他文件同样可以从 ~/.R/ 本地覆盖。

【讨论】：

根据我的配置，某些包需要sudo，所以在这些情况下需要修改Makeconf。您的解决方案有效！
$R_HOME 对于 CentOS6 是 /usr/lib64/R/
对于 R 包 (largeViz) 安装，即使在添加 CXX 变量后我们也遇到了问题。除此之外，我们还必须在 Makevars 文件中配置 CXX11 变量。像这样 CXX11=g++7
也许您首先需要mkdir ~/.R？该目录需要存在才能在其中写入文件。
谢谢，这解决了我的问题，我用CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++安装rstan包。

【解决方案2】：

我有一个非常相似的问题。

对我有用的是定义一个项目目录（rstudio 可以为您完成），然后添加一个修改 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH 的 .Renviron 文件，以将目录包含在新的 gcc 中。例如，在您的情况下，.Renviron 看起来像：

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/bin/gcc/lib:/usr/local/bin/gcc/lib64:/usr/local/bin/gcc/libexec:其他路径

PATH=/usr/local/bin/gcc/bin:/usr/local/bin:其他路径

【讨论】：

【解决方案3】：

检查您的路径以查看 /usr/local/bin 是否位于 /usr/bin 之前。如果是这样，请确保 /usr/bin 先出现：

PATH=/usr/bin:${PATH}

（如果/usr/bin重复出现两次也没关系）。

【讨论】：

不起作用：export PATH=/usr/bin:${PATH} R CMD INSTALL... 检查 gcc... /usr/local/bin/gcc -std=gnu99

【解决方案4】：

查看configure.args 部分?install.packages 并将其与./configure --help 进行比较，例如r 源代码树。

您也可以通过 bash 发送 CC=clang R CMD INSTALL /path/to/package/source。

HTH

【讨论】：