从 dockerfile 激活奇异容器中的 conda 环境

Question

我正在尝试从现有的 docker 映像设置一个奇异容器，在该容器中，只要我运行容器，就会激活名为“tensorflow”的 conda 环境。我找到了关于这个主题的一些答案here。不幸的是，在这篇文章中，他们只解释了如何设置奇异 .def 文件以默认激活 conda 环境。但是，我只想修改现有的 Dockerfile，然后从中构建一个奇点映像。

到目前为止，我尝试的是像这样设置 Dockerfile：

FROM opensuse/tumbleweed

ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH
ENV PATH /opt/conda/envs/tensorflow/bin:$PATH

# Add conda environment files (.yml)
COPY ["./conda_environments/", "."]

# Install with zypper
RUN zypper install -y sudo wget bzip2 vim tree which util-linux

# Get installation file
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh -O ~/anaconda.sh

# Install anaconda at /opt/conda
RUN /bin/bash ~/anaconda.sh -b -p "/opt/conda"

# Remove installation file
RUN rm ~/anaconda.sh

# Make conda command available to all users
RUN ln -s /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh

# Create tensorflow environment
RUN conda env create -f tensorflow.yml

# Activate conda environment with interactive bash session
RUN echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc
RUN echo "conda activate tensorflow" >> ~/.bashrc

# Default command
CMD ["/bin/bash"]

构建 docker 映像后，我运行 docker 容器：

docker run -t -d --rm --name=my_container opensuse_conda:latest

然后进入容器：

docker exec -it my_container bash

结果符合预期。 shell 会话直接在“tensorflow”环境处于活动状态时启动，该环境由 (tensorflow) 前缀指示。

要从我使用的这个 docker 镜像构建一个奇点镜像：

sudo singularity build opensuse_conda.sif docker-daemon://opensuse_conda:latest

并使用以下命令运行容器：

sudo singularity run opensuse_conda.sif

这就是问题发生的地方。默认情况下，“base”环境被激活，而不是“tensorflow”环境。但是，我宁愿在运行奇异容器时激活“张量流”环境。

如何修改我的 Dockerfile，以便在同时运行 docker 容器和奇异容器时，默认环境是“tensorflow”？

非常感谢您的帮助！

Answer 1

您的问题是 .bashrc 只会在您启动交互式 shell 时读取，而不是在容器使用默认命令运行时读取。有关背景信息，请参阅this answer。

有一堆bash startup files，您可以在其中放置conda activate tensorflow 命令。我建议您定义一个自己的文件，并将文件名放入BASH_ENV 环境变量中。两者都可以通过 Dockerfile 轻松完成。