我正在运行一个生成两个输出文件的命令，这两个文件非常大，我想通过管道将输出进行 bgzip 压缩，而不是在输出写入后运行 bgzip。
这些是我当前的命令：
samtools sort -n --threads 16 -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 $file_1.fastq -2 $file_2.fastq
bgzip $file_1.fastq
bgzip $file_2.fastq
是否可以在一个命令中完成所有这些操作？
谢谢！
【问题讨论】：
想通了！
samtools sort -n --threads 16 -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 >(pigz -p 12 > $file_1.fastq.gz) -2 >(pigz -p 12 > $file_2.fastq.gz)
【讨论】：
那些“-1”和“-2”标志是什么意思？
如果他们的意思是“将标准输出重定向到文件”和“将标准错误重定向到文件”，那么你可以这样：
( ( YOUR_COMMAND ) | bzip > $file_1.fastq.bz ) 2>1 | bzip > $file_2.fastq.bz
其中 YOUR_COMMAND 与您正在执行的操作相同，只是没有 -1 和 -2。这里的想法是将 stdout 发送到一个管道，并将 stderr 发送到另一个。是的，有点摇摇晃晃。 （如果在您的管道中早先报告了错误，它将显示在文件 2 中。）
如果这不是 -1 和 -2 的意思，那么……我不知道有什么技巧。
【讨论】：