SeqIO.parse 在 genbank 文件中抛出错误答案

【问题标题】：SeqIO.parse throwing error in genbank filesSeqIO.parse 在 genbank 文件中抛出错误
【发布时间】：2020-05-15 16:12:38
【问题描述】：

我正在处理一些 genbank seq 文件并拥有以下代码：

for seq_record in SeqIO.parse("datafile_location, "genbank"):

虽然它可以运行 seq 文件（包含多个 seq）中的大多数 seq，但我收到以下错误。关于如何解决这个问题的任何想法？

也许删除有问题的序列？它会记录92126 的93145，然后抛出错误。

我已尝试重新下载 seq 文件，但这并不能解决问题。

文件“C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”，第 516 行，在 parse_records 记录 = self.parse(handle, do_features) 文件 “C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”，第 499 行，在解析 if self.feed(handle, consumer, do_features): File “C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”，第 466 行，在提要 self._feed_header_lines(consumer, self.parse_header()) 文件 “C:\python38\lib\site-packages\Bio\GenBank\Scanner.py”，第 1801 行，在 feed_header_lines previous_value_line =structured_comment_dict[ KeyError: 'Assembly-Data'

【问题讨论】：

标签： biopython seq genbank

【解决方案1】：

看起来很像BioPython issue #2844。

pull request was recently merged 来解决这个问题。

【讨论】：