R 中的零膨胀准泊松模型 (glmmadmb, pscl)

Question

问：可以在 R 中拟合一个有效的零膨胀准泊松模型吗？

我知道零膨胀泊松和零膨胀负二项式都可以与 pscl::zeroinfl() 和 glmmADMB::glmmadmb() 拟合。

但是，在pscl::zeroinfl() 的帮助文件示例中，准泊松是在没有膨胀的情况下拟合的，但在膨胀演示中被省略了：

## data
data("bioChemists", package = "pscl")

## without inflation
## ("art ~ ." is "art ~ fem + mar + kid5 + phd + ment")
fm_pois  <- glm(   art ~ ., data = bioChemists, family = poisson)
fm_qpois <- glm(   art ~ ., data = bioChemists, family = quasipoisson)
fm_nb    <- glm.nb(art ~ ., data = bioChemists)

## with simple inflation (no regressors for zero component)
fm_zip  <- zeroinfl(art ~ . | 1, data = bioChemists)
fm_zinb <- zeroinfl(art ~ . | 1, data = bioChemists, dist = "negbin")

dist 的唯一选项是 dist = c("poisson", "negbin", "geometric")。

在glmmADMB::glmmadmb() 的帮助文件文档中，负二项式是family="nbinom"，而准泊松是family="nbinom1"，zeroInflation 的参数定义指出：

zeroInflation: whether a zero-inflated model should be fitted 
              (only "poisson" and "nbinom" families).

我的理解是准泊松模型具有解释过度分散的优势（尽管是以线性方式）；也就是说，如果 P 是 Poisson，Q 是 Quasi-Poisson：

但也许是因为 they lack a proper likelihood 他们不能那么容易实现，这就是为什么它们显然被两个更流行的零膨胀包省略了......

Answer 1

问：可以在 R 中拟合一个有效的零膨胀准泊松模型吗？

答：是的，在 R 中拟合一个有效的零膨胀准泊松模型。

搁置pscl::zeroinfl() 并专注于glmmADMB::glmmadmb()。

glmmADMB::glmmadmb() 的一些事情：

• family="nbinom1" 仍然是具有有效似然性的负二项式模型——帮助文件只是指出参数化对应于准泊松。如果您深入了解glmmADMB::glmmadmb()，您会发现“nbinom”、“nbinom1”和“nbinom2”都更改为family="nbinom"，而指定“nbinom1”只会创建一个标志来提交tau=alpha tau=(1+e1+lambda/alpha) 中的 .tpl file。

• 此外，包维护者在对owls displayed on page 17 of a PDF at the ADMB website的分析中使用family="nbinom1"和zeroInflation=TRUE作为首选模型：

  gfit3

• 虽然this discussion 与zeroInflation=TRUE 和family="nbinom1" 模型无关，但Ben 解释了zeroInflation=FALSE 案例中nbinom1 与准泊松的参数化。