Snakemake：由于通配符扩展错误导致“缺少输入文件”答案

【问题标题】：Snakemake: 'Missing input files' due to wrong wildcard expansionSnakemake：由于通配符扩展错误导致“缺少输入文件”
【发布时间】：2019-07-30 13:08:46
【问题描述】：

我是 Snakemake 的新手，我想编写一个非常简单的 Snakefile，其规则将每个输入文件分别处理到一个输出文件，但不知何故我的通配符没有正确解释。

我在 Ubuntu 18.04 中设置了一个最小的、可重现的示例环境，其中包含输入文件“test/test1.txt”、“test/test2.txt”和一个 Snakefile。 (snakemake 版本 5.5.4)

蛇文件：

ins = glob_wildcards("test/{f}.txt")

rule all:
  input: expand("out/{f}.txt", f=ins)

rule test:
  input: "test/{f}.txt"
  output: "out/{f}.txt"
  shell: "touch {output}"

此 Snakefile 在构建作业的 DAG 时引发以下错误：

Missing input files for rule test:
test/['test1', 'test2'].txt

任何想法如何解决这个错误？

【问题讨论】：

标签： snakemake

【解决方案1】：

我认为你需要使用ins.f 或类似的东西：

expand("out/{f}.txt", f= ins.f)

原因在FAQ中有解释

[glob_wildcards 返回] 一个包含值列表的命名元组每个通配符。

【讨论】：

非常感谢！确实是ins.f来解决问题。
你也可以做 'ins, = glob_wildcards("test/{f}.txt")' （注意逗号）。 snakemake 文档显示了这种方法。