带有通配符的 WorkflowError

【问题标题】：An WorkflowError with wildcards带有通配符的 WorkflowError
【发布时间】：2018-04-03 03:20:31
【问题描述】：

我想使用snakemake QC 的fastq 文件，但它表明：工作流错误：

目标规则不能包含通配符。请指定具体文件或没有通配符的规则。

我写的代码是这样的

SAMPLE = ["A","B","C"]

rule trimmomatic:
    input:
        "/data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "/data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

我是新手，如果有人知道，请告诉我。非常感谢！

【问题讨论】：

标签： error-handling wildcard snakemake

【解决方案1】：

您可以执行以下操作之一，但您可能想要执行后一个操作。

通过命令行显式指定输出文件名：
```
snakemake  data/samples/A.clean.fastq
```
这将运行规则来创建文件data/samples/A.clean.fastq

使用rule all 指定要在 Snakefile 本身中创建的目标输出文件。 See here 了解更多关于通过rule all 添加目标的信息

SAMPLE_NAMES = ["A","B", "C"]

rule all:
    input:
        expand("data/samples/{sample}.clean.fastq", sample=SAMPLE_NAMES)

rule trimmomatic:
    input:
        "data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

【讨论】：

在您的帮助下我已经解决了，非常感谢！