R：roxygen2，导入的包不出现在命名空间答案

【问题标题】：R: roxygen2, imported packages do not appear in namespaceR：roxygen2，导入的包不出现在命名空间
【发布时间】：2016-03-02 15:08:15
【问题描述】：

我的项目中有一个文件：import_packages.r，包含以下内容：

#' @import reshape2
#' @import ggplot2
#' @import DESeq2
#' @import geneplotter
#' @import survcomp
#' @import gplots
#' @import pheatmap
#' @import RColorBrewer

当我执行devtools:document() 时，这些包没有显示在 NAMESPACE 文件中，实际上它们也没有导入。我做错了吗？

【问题讨论】：

有时它有助于删除NAMESPACE文件，强制重新创建文件。
@drmariod 没有帮助。包仍然没有出现在 NAMESPACE 中

标签： r roxygen2 roxygen

【解决方案1】：

如果您的文件只包含您提供的行，它会被 roxygen2 忽略。您应该在仅包含 NULL 的 roxygen 代码之后添加一行。所以以下应该工作：

#' @import reshape2 ggplot2 DESeq2 geneplotter
#' @import survcomp gplots pheatmap RColorBrewer
NULL

我还减少了行数，向您展示如何使用@import 一次性导入多个包。但是对于 roxygen 来说，分发包的行数并不重要。

我认为这是因为 roxygen 部分必须与某个 R 对象相关联。例如，函数的文档与相应的函数对象相关联。由于您不希望将导入与函数关联，因此可以将它们与 NULL 关联，这也是一个 R 对象。

正如hadley 正确指出的那样，不建议完全导入那么多包，因为最终可能会出现名称冲突。以下两种选择通常更好：

使用显式包名和:: 运算符引用函数：reshape2::melt() 这具有额外的优势，您可以立即看到函数来自哪个包。
使用@importFrom从包中只导入你需要的函数：
```
#' @importFrom reshape2 melt cast
```

您可以找到更多信息here。

【讨论】：

另外值得注意的是，不推荐完全导入许多包。
@hadley 感谢您的意见。稍后我会添加一些关于更好做法的内容。