R 3.2、GCC 和自制软件答案

【问题标题】：R 3.2, GCC, and homebrewR 3.2、GCC 和自制软件
【发布时间】：2015-05-21 21:29:19
【问题描述】：

我最近需要安装 R 3.2 才能让 Bioconductor 的包正常工作，但安装后，我收到以下错误：

[16:16:11 20] $ r
dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/gcc/4.9/libgfortran.3.dylib
  Referenced from: /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Versions/3.2/Resources/lib/libR.dylib
  Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5

果然brew设置为使用gcc 5，所以我告诉brew使用4.9版本

brew switch gcc 4.9

它让 R 运行，但随后 R 在安装包的过程中失败（特别是当我运行 biocLite('DESeq2') 时。

从那时起，我尝试了很多事情，包括尝试安装 gcc 4.8（但我似乎无法让 R 使用它，即使通过 ~/.R/Makevars 也是如此）。即使没有安装 4.9，R 也坚持调用如上所示的路径。

Windows 版本的 R 似乎说 4.9 不适用于 3.2：

R-devel 暂时使用了一个基于 4.9.2 gcc 的新工具链，由 Duncan Murdoch 使用承包商编写的构建脚本组装而成。但是，与现有代码有太多不兼容的地方，这个工具链不会用于 R 3.2.0。有关构建和测试新工具链的详细信息，请参阅注释。

任何帮助将不胜感激！

编辑：我尝试按照@lmw 的建议从源代码安装，但失败了：

[11:27:55 2] $ brew install r --build-from-source
==> Installing r from homebrew/homebrew-science
==> Installing r dependency: gcc
==> Downloading http://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
curl: (28) Resolving timed out after 5542 milliseconds
Trying a mirror...
==> Downloading https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
==> Patching
patching file gcc/jit/Make-lang.in
==> ../configure --build=x86_64-apple-darwin14.3.0 --prefix=/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0 --libdir=/usr/local/Cellar/gc
==> make bootstrap
==> make install
==> Caveats
GCC has been built with multilib support. Notably, OpenMP may not work:
  https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=60670
If you need OpenMP support you may want to
  brew reinstall gcc --without-multilib
==> Summary
????  /usr/local/Cellar/gcc/5.1.0: 1351 files, 248M, built in 32.5 minutes
==> Installing r
==> Using Homebrew-provided fortran compiler.
This may be changed by setting the FC environment variable.
==> Downloading http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz
######################################################################## 100.0%
==> Patching
patching file src/modules/lapack/vecLibg95c.c
==> ./configure --prefix=/usr/local/Cellar/r/3.2.0_1 --with-libintl-prefix=/usr/local/opt/gettext --enable-memory-pro
==> make
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (survival)
make[1]: *** [recommended-packages] Error 2
make: *** [stamp-recommended] Error 2

READ THIS: https://git.io/brew-troubleshooting
If reporting this issue please do so at (not Homebrew/homebrew):
  https://github.com/homebrew/homebrew-science/issues

编辑 2：只是为了好玩，我尝试在没有--build-from-source 选项的情况下安装r，它成功了。请参阅下面的解决方案。（我认为从源代码构建可能已经解决了 gcc 5 升级的问题，这让事情变得正常。我不要尝试它（事情终于又开始工作了......为什么要搞砸它?)，但我想知道是否可以删除我在~/.R/Makevars 中设置的变量（同样，请参见下面的解决方案）。

【问题讨论】：

我现在也在处理同样的问题！
相关阅读：github.com/Homebrew/homebrew-science/issues/2286
不知道我是怎么错过的！谢谢@iShouldUseAName！

标签： r gcc homebrew gcc4.9

【解决方案1】：

从源代码重建 R 为我解决了同样的问题。

brew reinstall r --build-from-source

【讨论】：

现在正在尝试，但它似乎卡在下载...也许它正在编译？希望这有效！谢谢！
重新安装失败（我认为还有其他问题），但我删除了r 并尝试使用--build-from-source 选项进行安装，但失败了。（见有问题的编辑）。但是，我确实认为从源代码构建导致从源代码构建依赖项之一（我没有命令行输出......事情崩溃了，我重新启动），我认为这解决了一些与gcc 升级。如果你的答案是解决问题的步骤，我会选择你的答案——让我知道！

【解决方案2】：

this commit 解决了这个问题，为 R 提供了新瓶子。请确保您使用 brew update 和 brew upgrade r。

【讨论】：

很高兴知道！我想知道为什么这在早些时候不起作用……我今天早上正在更新和升级，但它没有起作用。由于我正在工作，我可能还不会这样做......以防万一=）。谢谢！！
另外，提交可能是事情开始起作用的原因......有没有办法判断这是否是因为我做了什么而不是提交？一方面，我不想选择您的答案作为解决方案，因为它不是一个解决方案，而是一个“它已修复！”，但同时，如果原因，我不想选择另一个答案事情之所以奏效是因为提交。
如果您重新安装了 R 并且它从瓶子中“倒入”到 /usr/local/Cellar/r/3.2.0_1 中，那么您使用的是最新的公式修订版。从源代码重建也应该可以解决问题，尽管修订版（添加了 _1）仍会触发升级（请参阅brew outdated）。
我遇到的问题非常相似，但似乎没有这样解决。
解释一下：（评论编辑超时）：我尝试了 brew update 然后是 brew upgrade r，但我认为它可能仍然缺少库级别？当我运行 R 时，它想使用一个名为“6”的库级别，但只有一个库级别“5”。我得到 dyld：库未加载：/usr/local/opt/gcc/lib/gcc/6/libgfortran.3.dylib。但这确实存在于“5”之下。也就是说，有一个/usr/local/opt/gcc/lib/gcc/5/libgfortran.3.dylib（但/6/下没有。

【解决方案3】：

这不是一个完整的修复（它使用旧的 gcc 版本），但它让我再次运行：

brew tap homebrew/homebrew-versions
brew install gcc48
brew install r
- 注意：我运行了brew install r --build-from-source（重新安装不起作用），它重建了 something，但不是 r（它失败了）。它可能对这项工作负有部分责任。如果是，请告诉我！如果他的回答是成功的原因，我想给 @lmw 表扬。

编辑 ~/.R/Makevars 并添加以下行（根据需要编辑路径）：

CC=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/gcc-4.8
CXX=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/g++-4.8
CFLAGS=-std=c99

运行r。

（如果您要安装生物导体）

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

【讨论】：